（一）质量风险
办学质量是民办学校的生命线和核心竞争力。我国民办教育风险防范，经过了早期关注生存风险、稳定风险到《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》实施后更加关注质量风险的价值嬗变。长期以来，我国民办教育过分强调以速度和规模为导向的粗放式发展路径，忽视质量和效益为导向的内涵式发展。由于人才培养目标错位、专业课程设置不合理、师资结构不稳定、生源质量较低等原因，导致毕业生就业质量和学校社会认可度普遍较低。分类管理背景下，面对国内外教育环境的深刻变化，民办学校只有持续提高其办学质量才能立于不败之地。《促进民办教育健康发展的若干意见》（2016年）对提高民办学校办学质量主要从三个方面提出了要求：一是明确学校办学定位。积极引导民办学校服务社会需求，更新办学理念，深化教育教学改革，创新办学模式，加强内涵建设，提高办学质量。二是加强教师队伍建设。要求将民办学校教师队伍建设纳入教师队伍建设整体规划，全面提升教师师德素养、业务能力和水平，关心教师工作和生活，吸引各类高层次人才到民办学校任教。三是引进培育优质教育资源。鼓励支持培育高水平、有特色的民办学校，整体提升教育教学质量，着力打造一批具有国际影响力和竞争力的民办教育品牌，着力培养一批有理想、有境界、有情怀、有担当的民办教育家。因此，如何科学定位学校发展、正确选择发展路径、强化学校内涵建设、提升办学质量就成为当前和今后民办学校风险防控的重点之一。
（二）政策风险
如同任何事物都具有两面性一样，任何政策或制度在落实过程中，既可能产生法规政策要求的，契合立法者立法意图或制度设计者设计初衷，具有建设性或积极作用的正向价值，也可能产生立法者或制度设计者无意追求却偏偏可能出现的具有破坏性和消极作用的负效应或反向功能，诸如曾经饱受争议的“合理回报”制度一样。这表明政策本身也具有一定的风险性。分类管理后，在很多方面会打破民办学校固有的利益格局。意味着民办学校长期以非营利法人为假设条件，以捐资办学模式为参照的非对称性的政策管理模式嬗变为营利性与非营利性“分类”“分管”的对称性管理模式；意味着举办者、民办学校、利益相关者之间的权利、义务、责任将由混沌不清变得泾渭分明；意味着“举办者利益优先”的妥协性资源配置方式将逐渐让渡于多元利益主体均衡发展的资源配置方式。[13]特别是围绕分类管理的一些关键性问题，诸如如何确定政策过渡期、如何转为非营利性民办学校、如何进行财务清算、资产确权、剩余财产分配等问题，新《民办教育促进法》规定的都比较粗糙，需要地方教育主管部门和相关部门进一步的制度创新和高度的协同协作。目前全国大多数省（自治区、直辖市）相继出台了本地区民办教育分类管理的配套政策，但整体而言，各地规定不尽平衡，分类扶持优惠力度偏小，部分风险防控措施缺乏操作性。2018年，《民办教育促进法实施条例（修订草案）（送审稿）》已经出台，其中某些政策对部分民办学校影响甚巨。如第七条规定：“公办学校举办或者参与举办非营利性民办学校的，应当经主管部门批准，并不得利用国家财政性经费、不得影响公办学校教学活动，不得以品牌输出方式获得收益。公办学校参与举办的民办学校应当具有法人资格，具有与公办学校相分离的校园、基本教育教学设施和独立的专任教师队伍，实行独立的财务会计制度，独立招生，独立颁发学业证书。”该条对长期以来饱受各界争议的独立学院影响较大，如何防控对独立学院带来的各类风险，涉及新旧政策的冲突调适、平稳过渡以及各方主体的利益平衡等诸多难题，从目前来看，各地法规和政策制定和落实的情况并不乐观，准备并不充分。因此，如何科学制定地方民办教育发展的配套政策，保证政策落实落地，避免因各方利益纠缠和认知分歧导致国家相关政策“搁浅”“打折”或出现类似资产过户等“制度失灵”或“政策失效”等现象是风险防范的一个重点。