改革开放40年，义务教育学校内部管理改革取得了不小的进展，积累了不少经验教训，从总体上看，义务教育学校内部管理改革还处于“正在进行中”，由于历史原因以及改革开放过程中出现的新问题，当前我国义务教育学校内部管理中也存在着不少问题，有研究者指出：“我们的学校内部管理中存在诸多弊端，主要表现在四个方面。其一是封闭性，从总体上看，我们的学校管理缺少一种开放机制，基本上处于‘闭门办学’的状态，与外部环境‘老死不相往来’；其二是单主体，学校管理只看重校长和主要行政人员的作用，忽视和无视学生、教师、家长的主体作用，造成‘目中无人’的现象；其三是单向度，许多校长过分依赖‘自上而下’的科层式或层级管理；其四是低效能，许多学校注重硬件的高投入，忽视软件建设，致使投入与产出比例失调，教育浪费现象严重。”[27]
（一）义务教育学校管理机制不完善，导致管理效率低下
义务教育学校管理机制指用于规范义务教育学校管理的一系列制度所构成的完善的、有机的管理体系。义务教育学校管理制度以校长负责制为核心，包括教师管理制度、教育资源的分配制度、教育教学管理制度等内容。在管理学中，加强人的管理，提高人的积极性是提高工作效率的重要保证。而在学校管理中，加强教师的人事管理，提高教师的工作积极性是提高教育教学质量的重要保障。义务教育学校内部管理中，对教师的人事管理制度包括教师的聘任与职称制度、教师绩效工资制度、教师的考核制度以及当前“县管校聘”制度下的教师资源分配制度。我国在义务教育发展的40年中，在义务教育学校内部管理中不断出现各种问题，应该说都是义务教育学校内部管理改革与发展中的问题。这些问题尤其在公办学校教育管理体制中表现得更为明显。学校内部管理体制存在着管理体制不健全、竞争体制不活、激励机制不足和淘汰机制不力等问题。多年来，由于公办学校的专业技术人员靠上级人事部门调配上岗，工资由财政直达个人账户，评职称靠熬年头，造成教职员工缺乏活力，人的潜能在风平浪静的港湾里沉睡，得不到最大限度的开发，人才资源浪费甚为严重。各地虽然实行了教师聘任制，奖金按等级分配，象征性地打破一刀切的惯例，但奖金所占教师收入比例太小，不足以产生激励作用，在相当一部分学校只是流于形式。有的考核制度执行不严、考核等次有失公平，有的甚至将“优秀”等次“轮流坐庄”，论资历、排辈分、讲照顾等痼疾没有被大胆根除。分配制度改革阻力重重，教职工固守平均，加上分配标准难定，决定改革成败的结构工资制无法取得实质性的突破，分配差距不能拉开。有的学校只图省事，执行方法简单，不仅没有起到调动积极性的作用，相反还挫伤了教师的积极性。公办学校淘汰机制不力，除了正常退休和因身体情况内退、落聘、缓聘外，还存在缺乏合理而强有力的淘汰机制等问题。极少数业务能力较差、工作作风和师德较差的教师仍然躺在大锅饭的灶台上心安理得、四平八稳地颐养天年，形成了快牛多干活、懒汉享供养的被动局面。[28]