义务教育阶段现代学校制度建设，作为全面推进教育改革与发展的制度创新，代表了学校制度建设的方向，加速现代学校制度建设已成为当前学校教育改革的主题。在义务教育学校内部管理改革进程中，必须坚持以教学改革为核心，以人事、分配制度改革为重点，建立有效的激励体制，搞好人才储备库，作为推动和深化义务教育学校内部管理改革的发展方向。
第一，以教学改革为核心，推动义务教育学校内部管理改革。学校工作的中心是教育教学，教学改革是学校永恒的话题，创造适合学生全面发展的教育是义务教育学校内部管理改革的核心问题。不管采取什么形式的改革，学校和校长的主要着眼点都应放在教育教学上。学校教育教学质量的高低，学生是否实现了全面发展，是衡量学校内部管理改革成败的主要标准。
以教育教学改革作为学校内部管理改革的核心，提高学校管理水平的最终目的是为了创设学生全面发展的外部环境，这种理念得到越来越多的学校的认可和实践。从20世纪80年代中期开始，北京四中坚持以课程设置和教学内容为核心的教学改革。经过20年的不懈努力，初步形成了具有现代学校特征的学校内部教育管理制度，为实现学生的自主发展和和谐发展创造了良好的外部条件。四中校长刘长铭认为：“现代教育的核心理念是倡导人的自主发展和和谐发展。现代学校内部教育管理制度的建立，构建了使学生实现自主与和谐发展的良好的外部环境。”[37]这种理念正在被越来越多的人所理解和实践。
第二，健全约束和参与体制，保障校长负责制的有效运行。义务教育学校普遍实行校长负责制，不少学校还实行“党政一肩挑”，校长兼任党委书记的现象很普遍。改革开放以来实行的校长负责制总体是好的，但因为没有相应的制约机制，给校长实行家长制、“一堂言”提供了某种程度上的方便。教育行政部门任用学校校长的用人制度，校长的负责对象是上级主管单位，而不是学校。这种责任对象不清，学校内部法人治理结构不健全，经验化、非制度化现象严重，问责制度不健全，部分校长专业化水平不高，成为义务教育学校内部管理改革的严重障碍。