在《民办教育促进法》的制定过程中，有关民办学校分类管理的问题一直分歧很大。支持者认为分类管理有利于非营利性学校的发展，也符合国际趋势。反对者则认为将民办学校分为营利性和非营利性学校违反了1995年颁布的《教育法》第二十五条“不得以营利为目的举办学校及其他教育机构”的规定。为了缓解教育公益性与资本寻利性的矛盾和冲突，立法最终在保证民办教育公益性的前提下，允许办学者取得“合理回报”。同时，为了照顾分类管理的意见，附则中规定“在工商部门登记注册的经营性民办培训机构的管理办法由国务院另行规定”。这是在参与立法各主体意见分歧，加上立法过程中权力的相互制约，人大面临换届即政策之窗即将关闭的情况下，在最高领导人的协调下，妥协折中的结果。[17]然而，立法的折中不仅未能解决现实中的民办学校分类问题，而且因合理回报的性质问题而备受质疑和诟病，因此，在《教育规划纲要》明确提出“探索营利性和非营利性民办学校分类管理”的改革方向以后，2016年的《民办教育促进法》修正案正式删除了有关“合理回报”的内容，并将民办学校区分为营利性和非营利性两类分别管理。
（一）过渡期分类登记如何推进
根据要求，2016年11月7日之后设立的民办学校应到相关部门分类登记。《民办教育促进法》修改前设立的民办学校选择登记为非营利性民办学校的，依照修改后的学校章程继续办学，履行新的登记手续。选择登记为营利性民办学校的，应当进行财务清算，依法明确财产权属，缴纳相关税费，办理新的办学许可证，重新登记后继续办学。相应具体办法由各省、自治区、直辖市人民政府制定。而鉴于分类管理问题的复杂性，在具体实施方式上采取的是“一省一规，一校一策”的指导思想。[18]