（一）与相关法律的衔接不畅，缺乏配套落地措施
修改后的《教育法》取消了“不得以营利为目的举办学校”的规定，《民办教育促进法》中有关营利性学校和非营利性学校分类管理的修正案也获得通过，从而使原先的“合理回报和非营利性”这一结构性矛盾得以解决。但是，法律规定并不清晰，与相关法律法规未能理顺衔接，配套措施也迟迟未能出台。
例如，2016年修改的《民办教育促进法》和《国务院关于鼓励社会力量兴办教育促进民办教育健康发展的若干意见》对政府扶持、税收优惠、教师待遇等虽有新的规定，但均为原则性要求，缺乏可操作性和约束力。如在税收方面，《国务院关于鼓励社会力量兴办教育促进民办教育健康发展的若干意见》基本延续了原来的政策，并没有解决由于民办学校收取的学费不纳入财政专户而缺乏免税的法律依据问题，也没有对各地反映强烈的法人财产权过户登记过程中过重的税费负担问题提出解决办法。[13]在教师社会保障方面，2016年修改的《民办教育促进法》提出国家鼓励民办学校按照国家规定，为教职工办理补充养老保险，《国务院关于鼓励社会力量兴办教育促进民办教育健康发展的若干意见》提出建立学校、个人、政府分担的民办学校教职工社会保障机制，但对于如何办理和分担则缺乏明确规定。
再如，修改后的《民办教育促进法》要求民办学校按营利性和非营利性分别进行相应的法人登记，但是《社会服务机构登记管理条例》（《民办非企业单位登记管理暂行条例》修订草案征求意见稿）自2016年5月发布以来仍在进行修改完善，修订《民办教育促进法实施条例》被列入2017年教育部工作要点现仍未完成。这些急需出台和修订的法律法规不仅需要解决新法与《中华人民共和国民法总则》（以下简称《民法总则》）等相关法律的具体衔接问题，而且要考虑《国务院关于鼓励社会力量兴办教育促进民办教育健康发展的若干意见》中的许多新提法、新举措、新设计。例如，建立信息强制公开和黑名单制度、财务审计制度以及政府财政扶持纳入预算等内容[14]如何被立法吸收和强化，否则也会直接影响整个民办教育政策法律体系的科学性和完整性。