民办教育“一法一例”（即《民办教育促进法》及其实施条例）的颁布实施，实现了民办教育的有法可依，使大量民办学校具有了合法地位，也促进了我国教育法律体系的完善。但由于《民办教育促进法》在民办学校的定位和定性上存在混淆，既一概认同其为非营利性事业，又允许其取得合理回报，承认学校举办者是出资人，导致民办学校扶持和优惠政策难以落地。[25]因此，其促进作用有限，也造成民办学校公共财政资助缺乏必要的考量与规范，教育公平受到挑战。2013年9月，《民办教育促进法》被纳入国务院法制办教育法律修订计划向社会征求意见。
2016年11月7日，第十二届全国人大常委会第二十四次会议通过了《关于修改〈中华人民共和国民办教育促进法〉的决定》。此次修法的一个重要目的与内容是将民办学校分为非营利性和营利性两类，并在民办学校的扶持、税收和土地优惠、办学收益、收费及剩余财产处理方面对两类学校分别做出不同规定。实施民办学校的非营利性和营利性划分，有利于国家依据民办学校的不同类型设计具体规范，对落实《民办教育促进法》关于“促进民办教育事业的健康发展”的立法宗旨具有积极意义。
新修改的《民办教育促进法》于2017年9月1日起正式施行。此前，为保证举办营利性民办学校的合法性及法律体系的统一、协调，第十二届全国人大常委会第十八次会议于2015年通过了修改《教育法》和《高等教育法》的决定。《教育法》原第二十五条规定的“任何组织和个人不得以营利为目的举办学校及其他教育机构”修改为“以财政性经费、捐赠资产举办或者参与举办的学校及其他教育机构不得设立为营利性组织”，删除了《高等教育法》原第二十四条设立高等学校“不得以营利为目的”的规定。2017年1月18日，教育部等部门又发布了《民办学校分类登记实施细则》《营利性民办学校监督管理实施细则》，对两类民办学校的登记及营利性民办学校的监督管理做出具体规定。