高等教育管理体制的改革，涉及高等学校与政府和社会之间复杂关系的处理，关涉整个教育体制改革的成败，是20世纪90年代教育体制改革的核心问题。1993年颁布实施的《中国教育改革和发展纲要》明确提出了进行高等教育体制改革的目标和任务，认为“进行高等教育体制改革，主要是解决政府与高等学校、中央与地方、国家教委与中央各业务部门之间的关系，逐步建立政府宏观管理、学校面向社会自主办学的体制”，并且提出了改革政府与高校的关系、加强高校与社会的联系、改革高等学校的招生就业制度和内部管理体制等方面的具体措施。
在政府与学校关系上，《中国教育改革和发展纲要》提出应当处理好政府与学校、中央与地方、国家教委与中央业务部门之间的关系，赋予高等学校在招生、专业调整、机构设置、干部任免、经费使用、职称评定、工资分配和国际合作交流等方面充分的自主办学权利，使得高等学校真正成为面向社会自主办学的法人实体。此后，国家教委在广东和上海等地展开了以共建和合作为主要形式的改革试点工作。1997年，国务院总结改革试点工作的经验和教训，提出了“共建、调整、合作、合并”的八字方针，大大加快了高等学校管理体制改革的步伐，使得高等学校由条块分割的管理体制逐渐转变为条块结合的管理体制。[4]1998年8月，第九届全国人民代表大会常务委员会第四次会议通过了《高等教育法》。《高等教育法》以法律的形式对我国高等教育的管理体制、高等学校的独立法人地位和办学自主权利等内容做出了明确的规定，逐渐建立起了政府与高等学校关系的基本框架。此后，政府又陆续推行了一些新的改革举措，对这一框架体系进行了进一步的改革和完善。1999年，国务院提出要加强省级政府的统筹权力，形成在国家宏观政策指导下，以省级政府统筹为主的条块有机结合的新体制。同年，中央进一步提出要加大省级人民政府发展和管理本地区教育的权力及统筹力度，要求进一步明确省级政府的教育管理职责和权限，形成中央和省级人民政府两级管理、以省级人民政府管理为主的新体制，并且要求在落实和扩大高校办学自主权的同时，加强对高等学校的监督和办学质量检查，逐步形成对学校办学行为和教育质量的社会监督机制以及评价体系，完善高等学校自我约束、自我管理机制。此后，中央和省级人民政府两级管理、以省级人民政府管理为主的高等教育管理体制开始确立并逐渐完善起来。