2013年11月，中国共产党第十八届中央委员会第三次全体会议在北京召开。会议通过了《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》，确立新时期全面深化改革的总体目标是完善和发展中国特色社会主义制度，推进国家治理体系和治理能力现代化。会议召开以后，教育部认真贯彻落实会议精神，提出了深化教育领域综合改革，加快推进教育治理体系和治理能力现代化建设的改革目标，正式开始了由教育管理向教育治理转变的进程。
（一）转变政府职能，推进政府依法管理教育事务
积极转变政府职能，推进政府依法管理教育事务是实现依法治国，建设社会主义法治国家的基本要求。十八届三中全会以后，教育部针对原有教育管理体制的问题，制定了全面提升教育治理能力的改革方案。
1.实现政府教育职能的重组和优化
为了进一步落实简政放权的目标，首先，教育部进行了行政审批制度的改革，通过建立规范的教育行政审批制度，取消和下放了一大批审批事项；其次，大大减少了对学校的项目评审、教育评估、人才评价和检查事项；最后，进一步明确了中央和地方在教育管理上的分工，有效扩大了省级政府的教育统筹权。在改革的过程中，教育部还强化了制定国家教育标准，加强教育质量检测和实行教育督导的职能。
2.建立科学民主的决策机制
科学民主的决策机制是提高教育行政决策质量和水平，确保教育事业顺利开展的前提条件。在全面推进依法行政的改革过程中，我国逐渐建立了公众参与、专家论证、风险评估、合法性审查、集体讨论决定的重大教育决策法定程序，并且通过座谈会、听证会、网络平台等方式，广泛听取公众和社会各界的意见建议。此外，教育部还积极推动建立了教育重大决策合法性审查机制、重大决策终身责任追究制度及责任倒查机制的改革尝试，这些改革措施的推行，有力地提升了教育决策的科学化和规范化水平。