我国的职业教育在财政投入方面还存在以下问题。
第一，职业教育经费投入与其发展规模不协调。尽管随着职业教育规模的扩大，各级各类职业教育经费投入持续增长，但这与实际需求相比还有很大差距，职业教育仍是各类教育中的“短板”，与其培养规模、应有地位和作用不匹配。2013年，中等和高等职业学校在校生数分别占高中教育阶段、普通高等教育阶段在校生总数的44%和39%，而与之相对应，中职和高职的教育经费分别占到普通高中教育总经费和普通高等教育总经费的38.2%和18.2%。各级职业院校生均经费偏低，2013年，中职学校生均公共财政预算教育经费仅比普通高中学校多52.4元；2013年，地方高职学校生均公共财政预算教育经费仅相当于普通本科学生的53%。
第二，职业教育经费来源渠道比较单一，主要呈现“两元”主体结构，一是财政投入，二是学费收入。2013年，职业教育经费总投入中，财政性经费所占比例为74%，比2005年提高了29个百分点。职业教育多渠道筹资能力不强。以高职高专为例，2013年，高职高专的财政性教育经费与学杂费收入之和占总经费收入的88.7%；而民办学校中举办者投入与社会捐赠经费分别占总经费收入的1.4%和0.3%，比重较低。
第三，不同区域、不同举办主体的院校间的投入失衡加剧。在“分级管理、地方为主”的管理原则下，职业教育以地方为主的办学格局以及中央层面长期缺乏的统一协调的职业教育投入机制，导致职业教育投入呈地域分化。例如，2015年北京市高职院校生均财政性经费投入最高，超过3万元；而中部省份高职院校生均财政性经费投入仅为2000元左右。从地区分布来看，东、中、西部间经费投入差异很大，中西部地区生均公共财政预算经费偏低，生均校舍面积等指标大部分未达标，甚至呈现出严重的“中部塌陷”现象。另外，职业教育多层、多元的拨款机制在客观上已经造成不同举办主体的职业院校在汲取财政资源方面存在明显差异。实证研究表明，在控制地区经济发展水平和财政实力的条件下，不同院校获取财政资源的能力由强到弱依次为：省级非教育部门和省级教育部门所办院校、地市级政府所办院校、地方国有企业所办院校、民办院校。[4]