当前财政支持民办职业院校发展所面临的问题和挑战主要有以下几点。
（一）产权不明晰，面临诸多法律和政策上的限制
第一，民办院校的法人属性被界定为民办非企业法人，既非“企业”，也非“事业”。而在现实中，民办院校既要履行企业法人的一系列义务，也享受不了事业法人的优惠政策。而且出资者不能转让，资本不能随法人财产权的扩大而扩大。法律和政策上的矛盾使得民办院校无所适从。第二，当前的《民办教育促进法》对民办院校的收费标准的规定因缺乏操作办法而难以落实。第三，民办院校缺少在税收、土地、融资等方面的相关政策支持，难以享受与公办院校同等的法律地位。以税收为例，由于民办院校的法人属性和相关部门税收优惠政策支持的缺乏，民办院校享受不到与公办学校同等的税费优惠待遇。第四，土地和学校资产不能抵押，民办院校缺乏融资担保服务平台。这些问题都影响了民营资本进入职业教育的积极性。
（二）民办院校教师的社会保险和养老保险相对较低，亟待提高
由于民办院校未被纳入事业单位保险体系，教职工社会保险缴纳按和退休后的养老金都按企业标准进行，远远低于公办院校教职工的养老金待遇（前者约为后者的25%～45%）。民办院校的教师在福利保障方面难以实现与公办院校教师的同等待遇，导致师资队伍流动性大，出现了很多骨干教师“评上职称就跳槽”的现象。师资队伍的稳定性差已经成为阻碍民办职业院校发展的主要障碍之一，师资队伍的建设会直接影响到职业教育的内涵建设。
（三）在竞争财政专项资金方面，民办院校所获得的机会较少
由于自身基础相对薄弱，民办院校在参与政府部门组织的各种专项项目申请时，比如教师培训、出国学习、横向委托的科研项目等，往往竞争不过公办院校，民办院校能够获得的专项项目较少。并且，在有些地方，民办院校即使成功申请到了专项建设项目，也无法获得应有的财政支持，往往“有名无实”（有称号无资金），需要自筹资金。这些都影响了民办院校参与财政专项项目的积极性。