首先，依法治校不仅是校长依法对学校内部进行管理，也是依法对学校、教师和学生合法权益实施的保护。学校组织、师生员工和学校外部组织之间难免会因为种种原因产生各种利益纠纷，依法维护学校及师生员工的合法权益是学校依法治校的重要内容。学校不仅要维护学校及师生员工的合法权益，使之不受侵害。并且，一旦学校与师生员工的合法权益受到侵害，校长应保障他们能及时通过法定程序得以补救。法律不仅是校长管理学校的工具，也是校长保护学校及师生员工合法权益的有力武器。当然，只有校长懂法、知法，他才能及时运用法律来保护学校及其师生员工的合法权益。
其次，学生是学校存在的理由，教师是学校教育教学质量的保证，学校应当依法维护学生的受教育权并尊重教师的合法权益。一方面，学校要尊重学生人格以及其人身权利、财产权利，不得体罚或者变相体罚学生，不能侮辱、歧视学生。如学校不得乱收费，必须按照国家规定向学生收取费用并且要公示收费标准；学校应落实安全制度，建立学生安全和伤害事故的应急处理程序与报告制度，依法妥善处理学生伤害事故等。另一方面，学校要依法聘任教师，依法为教师提供相应的工作条件，保障教师的教育教学权、科学研究和学术活动权、学生管理与学业评定权、参加进修和培训权以及参与学校民主管理权的实现。
最后，健全教师和学生的申诉制度以保障他们的合法权益。学校在对师生做出与其重大权益相关的处分决定时，一是要保障做出决定的主体是合法的。也就是说，这些涉及重大权益的处分必须由校长以学校名义做出，其他任何人未经校长授权不能以学校名义对师生做出任何处理决定。二是要保障处分决定的内容是合法的。任何处分决定不仅要有事实根据，而且还要以法律法规和学校的规章制度为依据，做到合情合理。凡是没有事实根据或国家法律法规和学校规章制度依据的处分决定都不能做出。三是要保障处分决定符合程序公正的原则，即学校做出任何处分师生员工的决定都要遵循先调查后做出决定的基本程序，学校在决定之前还应当实行校内听证制度。在形式上，重大处理决定也要符合规定，即必须经校长办公室以学校文件的形式做出并予以公示。并且，处理决定必须送达本人，不送达给本人则不发生效力。同时，还必须告知被处分的学生和教师，他们享有不服处分决定的申诉权利或者诉讼权利，并有相关制度保障能听取教职员工和学生的申辩或帮助他们寻求司法救济。