尽管行政管理的基础是“理性行为”，但是，人的理性是有限的。如果校长一味套用行政管理思想来管理中小学校的各方面工作，必将面临诸多矛盾和冲突。这既是由行政管理理论的内在局限性导致的，也是由学校组织的特殊性造成的。
首先，行政管理理论的局限性表现为：第一，劳动的高度分工会降低许多工作的挑战性和新鲜感，最终导致员工表现下降，降低工作效率。第二，对组织规则的过分依赖会引起低效率和惰性，甚至导致过度的繁文缛节和刻板性。第三，组织中应有下行和上行两条沟通渠道，但行政管理只有下行一个方向。造成组织成员由于信息不对称而无法参与决策。第四，由于专业性工作的表现难以计量，所以，组织的行政管理更注重通过“资格”和“忠诚度”而不是以竞争和优点作为晋升的决定性因素。
其次，行政管理强调对结构的控制超过对人的认识，但中小学是学习型组织，教师基于专业而具有专业权利，学生则具有受到法律保护的“权利”。尽管校长处于组织层级结构的顶端，具有最终的发言权，但如果他只采取行政命令和规章制度来管理学校，而作为组织重要主体的教师和学生只能被动接受指令，就忽视了教师的权利和学生的权利，造成这两个主体的自主性缺乏，进而难以充分调动他们的积极性和发挥他们的主动性。因此，校长的职责由单纯地监督他人的工作已经转向为重新构建组织结构以及分配各类资源的方式。
案例分享
学校该不该给成绩差的学生戴“绿令巾”
10月17日，中午放学后，西安未央区第一实验小学门外，一些孩子胸前的绿领巾在人群中显得格外扎眼。中午时分随着下课铃响起，小学生们在老师引领下排队回家。最先走出校门的是一年级学生，队伍自然地被他们佩戴的领巾颜色分成了两类：一部分孩子戴着鲜艳的红领巾，另一部分孩子则戴着绿领巾。