方以智对道体（其实亦是仁体、心体、性体、圣体等）的“圆满周遍”、“不落有无”之义，进行了极富个性特色的创发。与众不同的是：他很少直接就道体、仁心本身来说其“圆满周遍”性，而是寄喻出意（如“全树全仁”），或以“善巧而理数之”的方式分别将道体与万象抽象化为绝对的“一”与相对的“二”，再用“一在二中”、“举一明三”等来显明此义。这种思维水平的提升，使得程伊川的“体用一原、显微无间”义发展到极致。同时，这亦成为他批驳“悬道于器外”而荒废“研极实学”的时下学风，以及在境界论上认为王学末流“死执无所得之半边”（即“上一点”之道体）是“痴守影事，俱属魔光”的理论根据。
如果将经验知识植于儒家道器关系中进行考量，那么，经验知识应该属于气一层，专业人才或职业技艺则为“器”。按照道器圆融之关系，名物度数等经验知识理当受醇儒的重视，可实情并非如此。理学家们出于建体立极之需，他们视性命为精、形迹为粗，甚至黜气抑象，致使原有的道器、理气圆融关系，成了你死我活之争胜，如张载曰：“德不胜气，性命于气；德胜其气，性命于德。”[168]儒家义理发展至宋明，日益广大精微，但却偏于涵养心性、立大本，外王的理想反倒隐伏不彰。方以智说：“儒之弊也，迂而拘，华而荏……专主空悟，禁绝学问。”[169]虽然宋儒学术有其不得已的时代使命[170]，但是，单就学术自身问题而言，确有方以智所指责的偏高之失。
方以智并非站在功利的立场上批驳理学家，他批评理学的空疏之弊，却并没有因此废失传统的道德形上学。他用“全树全仁”来阐明“上藏于下而无上无下”的道气圆融关系，诸如培根、护干、除虫、收实等经验性的劳作，就是求道。从思想渊源上看，方以智有关道气关系的论说，更多是继承了北宋程明道的“识仁”之法。不同的是：程明道等理学家重在立体，方以智则体用双显，而尤重“培根也，护干也，除虫也，收实也”等被理学家视为“粗迹”的经验性活动。更为重要的是，“一神于二，即器是道”[171]不仅肯定了各种实学（包括“质测”之学）之于“道”的必要性，而且赋予各种职业活动一种特殊的伦理意义。内在道德固然重要，经验知识亦不可废，天理与人欲、德性与事业，相即不离，这才是程伊川“体用一原、显微无间”之意境的合理阐释。反之，贬抑实学并不合儒家体用圆融、立体致用的基本精神。另处，道器关系亦说明了“器”本身不是目的，求“道”才是最终目标；实学不再是无关道德的纯粹事功主义，其中蕴涵与绝对善相统一的崇高的精神信念。如今，工具理性日益盛行，科学出于纯粹实用之目的，谁还会相信：各种科学技术能给人们有关世界的终极意义呢？如果不能赋予实学以超越的伦理意义，则科学之利必多其弊，其直接后果将是一个破碎的世界。明末清初学者如徐光启、李之澡等虽然热衷于近代西方科学技术，但却丢掉了儒家的道德目标，最终只能投入耶教之怀抱，这就是为什么纯粹的功利主义在儒家体系中毫无位置的原因。