“举一明三”是方以智体用论十分重要的内容，甚至可以说其中包含了他有关体用论的全部内涵。此论是在“一在二中”的基础上，并结合佛教“一心三观”的思想伸发而来。“举一明三”实有两种不同的涵义：其一，他以此进一步著显了“一在二中”、“一多相即”的体用圆融论；其二，“举一明三”有不同于理学家们认可的“体用一源，显微无间”义，这只能算是方以智的一家之言，或其思想的独创之处。
（一）“举一明三，即是两端用中”的体用圆融义
其实，“一在二中”、“一多相即”已抽象地表明了体用圆融之意，但“一在二中”或“体在用中”毕竟有个“在”之在，有“执一”或“执二”之可能性。单从字面上理解，易理会为“某物在某物中”之义，难免有“一”（体）与“二”（用）之分。方以智在“一在二中”的基础上，去掉其中的“在”字，使“一在二中”演变为“举一明三”，以此盛著道体或圣体的“无执”、“不落”、“不离”义。
他在《一贯问答》中说：
一多相即，便是两端用中；举一明三，便是统体相用。若一多相离，体用两橛；则离一贯之多识，多固是病；离多识之一贯，一亦是病。最捷之法，只从绝待处便是。两间无非相待者，绝待亦在待中，但于两不得处，即得贯几。以先统后，即无先后；二即是一，则无二无一。孟子“塞”字，最为得神。子思剔出“至”字，《易经》标出“太”字，此与“超”字、“统”字、“化”字、“无”字，俱是一样。[123]
这段话晚出，它是方以智论“举一明三”最通明无碍、又最为圆融之语，可谓其思想之定论。先看“一多相即，便是两端用中”一语，“一多相即”是圆融地说道不离器、即器是道；换言之，就是“一在二中，二即是一”；这种道器如如的状态“便是两端用中”，即是“全树全仁”。方以智言“两端”仅就道器论。“即器是道”便是现实物的“中和”态（此“中”与“中五”之“中”表天道不同），但毕竟道是道、器是器，并不碍道器之“两端”。两种意义结合起来看，就是“一多相即，便是两端用中”。“一在二中”仅是数字化、抽象的说法，用孟子的话来说“一在二中”之“在”就是“塞”，所以他说“孟子‘塞’字最为得神”。知此，方以智所谓“若一多相离，体用两橛；则离一贯之多识，多固是病；离多识之一贯，一亦是病”就不难理解了。“离一贯之多识”是纯粹事功，是气魄承当，用王阳明的话来说，是“失去头脑”，是“已落在第二义矣”[124]，其结果必然是方以智所谓“营营相逐”，成为“拖尸以趋死”[125]之物；“离多识之一贯”是方以智所言“神钱挂树，相绐取食”[126]，“一”亦成为“影事”与“魔光”。