方以智以“一在二中”这种抽象的特殊形式，集中地论述与总结了北宋以来关于道与器、心与物之间的关系。“一在二中”除了含有“道寓于器”、“艺外无道”和“寓神于迹”之“不离”、“不落”（或曰“不执”）这种基本内涵之外，还有“二皆本乎一”、“举一明三”、“一多相即”等多种意蕴。
“一在二中”是“道寓于器”或一多关系最抽象的说法。在不同的语脉环境中，各有具体的表述方式，如：“太极藏身于一切爻”、“全树全仁”、“贯虚实”、“内学一，外学多”、“公因在反因中”、“绝待在对待中”、“公性在独性中”、“公心在独心中”、“至善在善恶中”、“中天贯先、后天”，等等。如果这些还不足以明，他甚至说“随立一名，皆可遍推，皆可同际”[32]。故关键处，要讲明“一在二中”，其余所示之理，均同。
（一）“仁一，而甲坼之芽即二”——“有一必有二”论
方以智说：“有一必有二，二皆本于一，岂非天地间之至相反者，本同处于一原乎哉！则善恶是非之未分，可觌露矣。”[33]“同处于一原”意谓万物皆受天道仁体的浸润，皆本于仁，无存例外者；“仁”（即“一”）与“树”（即“二”）相即不分，没有“树”外之“仁”，“离二则一死”即此意。但这并不碍分解地说“一”与“二”，此乃方以智所谓的“善用分别之智”。“有一必有二”至少有两义：第一，就是他说的“一不住一”和“凡核之仁必有二坼”之“生”意。第二，“一在二中”或“全树全仁”意。即不得离“二”求“一”、离用求体，这就是他所说的“太极非阴阳，而阴阳即太极”。
先从“一”之“生”意说起。他说：“两间无不二而一者，凡核之仁必有二坼，故初发者二芽，所以为人者亦犹是矣。”[34]人与万物一样，皆由仁之所贯、所生。“於穆不已”之“一”所以有创生之意，就在于它就是“仁”，或曰作为天道的“一”即是仁体。如何理解仁生万物呢？方以智说：