方以智言性大致分为两层，即超越地说“公性”与经验现象地说“独性”。其“公性”说大致远本《易传》“继善成性”、《中庸》“天命之谓性”及《孟子》“尽心知性知天”之说，又近取程颢“仁”说及张载“天地之性”，等等，这是一种道德的、绝对的、普遍之性。其“独性”说，较为复杂，既有告子的“生之谓性”义，又有近代西学传入的“物性”义，“物性”是一种相对的、各殊之性。方以智言“独性”，可察其“折中”[1]的思想倾向。从其思想发展的动态过程来看，其早年所言“性”，多指“独性”，尤以《物理小识》为代表；而中晚年言性，多指“公性”，尤以《一贯问答》、《东西均》、《易余》为代表。
“天地之性”与“气质之性”之二分，始于张载，后经伊川发扬，至朱熹而盛。方以智的两层“性”尤显独特，他一般不沿用“气质之性”和“义理之性”等常规讲法，而是分别称以“独性”、“公性”；他言气质性的“独性”主要不是为了“变化气质”（当然他亦有此意，如在工夫论上要求“反”即是），而是要强调“公性在独性中”，肯定独性的存在意义，从而为种种人情的合理性建立起坚实的人性论基础，体现了理欲对立的人性论在明清之际有所松动的时代特征。