在方以智的善恶论中存在两种截然不同的“善”，即“有善恶对待之善，有不落善恶之善”。其中“不落善恶之善”就是先天性体之至善，而“善恶对待之善”则是后天与“恶”相对的“善”。这两种善并非分别指向两种性，其实只是一性之两面说而已。“不落善恶之善”是极言其体，绝对的性体本身是无相的，不可以相对的善或恶状之，故曰“至善”。按照“源善流恶，至善在善恶中”的说法，性之“至善”会流于后天的相对善与恶，并通过后天的善恶表现出来。“善恶对待之善”亦当指性而言，只不过不是指本体自己，而是本体之表现。方以智论性善的另一个与众不同的特点就是：他不以《孟子》的“四端之心”来说性善，而是依据《中庸》、《易传》、《诗》等，如“於穆不已，无声无臭，未发之中，称之为善”即是。
（一）“无善无恶乃至善”与“性与善非二也”
在理学传统中，无论理学家的思想如何分歧，孟子的性善论是所有理学家所共许的。在儒释道三教交融日益密切的明清之际，思想家是否坚持性善论的基本立场，成为分判其思想归宗的关键所在。方以智对“至善”的界说，既有阳明的“无善无恶心之体”之义，又有回归北宋诸儒（尤其是程明道）由《周易》和《中庸》为入路、紧扣“天命之谓性”与“继善成性”来论性善的思想特征。他基于“一在二中”、“体在用中”所提出的“至善在善恶中”的说法，又显示出独特的个性特色。
先看方以智如何论性善的，他说：
新建曰：“无善无恶心之体，有善有恶意之动。”或驳之，非也。无善恶可言者，善至矣。京山曰：“继善成性，非有次第先后也，强分疏之示人耳！”性与善非二也，犹乎理也：於穆不已，无声无臭，未发之中，称之为善可也；无者善之长，曰明善，曰止至善，皆性也。善之浑然即无，无之粹然即善。空中之色，色可无，空可无乎？至善岂有对待乎？言本体者，犹言本色也。本色者，素也；染画加彩，彩不加者，其地也，留其素而已。谓本体为善，犹本色为素也。龙溪专主四无，学单提耳。[1]