在善恶观上，方以智具有鲜明的个性特色，体现在以下几个方面：第一，方以智坚持“性善论”，但是，他始终是以“天命之谓性”与“继善成性”来说性之至善，这是他认为天道、心性同为“於穆不已”之仁体的必然结果。其性善论并非本孟子的“四端之心”而言的，如“於穆不已，无声无臭，未发之中，称之为善”，但这仍然契合孟子所言性善，因为孟子本来就有“尽心知性知天”的说法。第二，对方以智来说，存在两种截然不同的“善”，即“有善恶对待之善，有不落善恶之善”。其中“不落善恶之善”就是先天性体之至善，而“善恶对待之善”则是后天与“恶”相对的“善”。他对性之“至善”的看法又明显同于程明道及胡五峰等认为性善是“非恶所取对”的观点，而表现出与朱子的看法有异。同时，其“无善无恶乃至善”的思想内涵又多少采撷了王阳明“无善无恶心之体”的说法。他们“至善”观的共同点仅限于此，因为方以智以“无善恶在有善恶中，善在恶中，体在用中”的方式，直视“至善”为体，这是他善恶观的第三个特色。方以智论善恶的第四个特点就是“恶消而善不立”的说法。他按照“源一流二，二即善、恶”的思想，相对至善（“一”）而言，“二”就是后天的善与恶，或后天的习气（恶）。由于他视后天的“用”（或“二”）为恶或有善有恶，故一切相反相因之“二”皆可以善、恶言，如“静则善，动则恶；体属善，用属恶；生为善，死为恶；未生为善，生后为恶”、“春夏善，秋冬恶；昼善，夜恶”等，并以此肯定了“小人”、“恶”存在的必要性。在这些善恶论的特色中，从前两点我们又可以看出方以智有回归北宋诸儒由《周易》和《中庸》为入路的特点。