由于方以智所言“心”的意义不一，导致其修养的工夫亦多种多样。加上无人与之往复论说，其语大多是指点、启示，一带而过，很难理会。综其所述，不外以下两点：首先，以“公心”为前提的“尽心”或“空心”说，以及“复先天之初”的逆觉工夫。其次，由“独心”或“小心”（认知心）而有的“学”的工夫。严格说来，根本不存在以“小心”这种认识心为理论背景的修养工夫。只有基于道德本心，也就是说只有以方以智所谓的“公心”为目标，才可能有道德修养工夫可言。其实，“学”之所以成为工夫，也是以“公心寓于独心中”为基础的，其最后的根据还是道德本心。从“源善流恶”的理论上来讲，唯“尽心”与“逆”才是根本的工夫，而“学”最多只是助缘的作用，但方以智所言“学”亦指向本心，如他说：“学当返闻逆入可知矣”，“学正回习还天之药”，等等。可见他并没有将“德性之知”与“见闻之知”严格区分开来，此非方以智不知，而是其“合诸家之异同”之学旨所致。对他而言，以上工夫都是旨在“打通内外”，都显得重要，并且皆贯注于其中晚年各著作中，无分主次。