在修养的工夫上，本章主要从“尽心见性”、“格合内外”和“外学多，内学一”三个不同侧面分别论述了方以智“打通内外”的工夫论。对方以智来说，这三种工夫都重要，并且皆遍见于其中晚年各著作中，无分主次。这三种工夫都是以仁心作为超越根据，都以“一在二中”和“内外合一”作为理论前提，以“打通内外”和“见性”为目的。其重点处稍有所不同，“尽心”和“格物”是从除去所执之私欲、私意处着眼，让仁心贯通于事事物物。“尽心”主要显明了仁心“虚”（“空”）而无滞的特性，而“格物”则又较突显了仁心“转物”的主宰性。相较前两种除“壳”去欲的力量皆来自“仁”本身而言，“学”的工夫又牵动了“外智”。在他看来，仁体就是“万物一体之量”，而非“核中之仁”或“寂体”，即仁心本来与事事物物不隔，事事物物皆仁心天理流行贯通。处明清之交的方以智认为仁心所贯的事事物物（即“全树全仁”之“树”）不再偏于伦理范域，而是“救世”、“技艺”、“使民安生”、“茶饭”等有关民族安危、百姓安生的“实事”、“实学”，这是他与王阳明“致良知于事事物物”的不同处，亦可以说这就是方以智在新的历史时期对阳明学的丰富与发展。
方以智“打通内外”的工夫论，明显受益于大程子的“识仁”说，以及《定性书》“以其心普万物而无心”和“性之无内外”的讲法。王阳明的“致良知”和王龙溪的“四无”说，亦盛著此义，此乃纵贯系统的工夫法门。虽然方以智有调和朱、王的愿望，但总是与朱子的“格物”工夫凑泊不上，无论是“尽心”、“格物”论，还是“外学多，内学一”论皆如此。例如，他训“格”为“至也，方也，正也，通也，感也”以及“八者非可执次第而言”的观点。尽管方以智强调“外学多”，但此“学”对象多为“质测”之经验知识，属于“外智”，而与“须用添个敬字方才牵扯得向身心上来”的朱子“格物穷理”不同。