关于方以智的思想归宗，他本人的说法显然是重要的参考标准。然其说不一，总结起来大致可归为两种：第一，就是“烹三炮五吞一味”、“万法惟易足统之”的百家（或三教）归《易》论；第二，就是“提心宗而百家之理皆归一”之说。以上说法都含“坐集千古之智”与“鞭笞百家”之意，区别就在于对《易》的认识与理解，如果以“太极”为仁心，立体致用，藉《易》阐发体用不二的原则，则亦契于阳明心学；如果是“因邵、蔡为嚆矢，征河、洛之通符”之《易》，其学旨就不同于心学。所以，我们依他本人所言，将其学思所宗归于以上两种的做法，应该不算错。
第一种说法，即“三教归易”，可以说是他一生最大的愿望，这也是他反复强调的一种学术旨趣。入佛前，他在《又寄尔公书》中说：“以五年毕词赋之壇拈，以十年建功于朝，再以十五年穷经论史，考究古今，年五十则专心学《易》。少所受王虚舟先生河洛象数，当推明之，以终天年，人生足矣。”[1]早年，他在《物理小识·总论》中亦云：“智每因邵、蔡为嚆矢，征河、洛之通符。”[2]及披缁为僧之后，他在《东西均》中提出欲以“全均”统“众均”，其统之根基亦是《易》。《象环寤记》云：“吾故望有知其全者以疗教，则必集大成以为主，非可平分也。溯其原同，则归于《易》耳。”[3]诸如此类的话，在其诗文杂记中还有很多。相对而言，第二种归宗于心的说法，却很少见。据笔者所及，仅在《东西均·象数》中出现过一次，他说：“提心宗而百家之理皆归一矣。执心与理之二名相确，而不知可一、可二、可万者，此镌其方便之药语，而不肯参伍天地人之象数也。”[4]并且，就在此一语中亦有“象数”在其间。除此之外，他还斥责陆象山“六经注我”的心学思想，他说：“象山、慈湖当证心于象数，注我自得矣，独不念六经贱而私心横耶？”[5]可见，与“归《易》”说相较，单从字面上来看，“归心”之说显得微不足道，所以，此说遂完全被后人忽视。