我们万万不可“泥于迹”以定密之之学，既不能以其入佛之行迹，而认之为佛，亦不能因“真如”、“般若”、“空”、“无”等字迹而以其为佛或老庄，更不能以“智每因邵、蔡为嚆矢”之言迹而信其为象数学。同理，我们不能以其有“所以”、“学”等范畴就以为是朱子学。我们知道，方以智所采用的范畴都是经过他“炮制”、“烹饪”过的，其内涵别有新义。为了防止执一家之言，即使有与前人相同意义者，他也另立新词以别之，如“公心”其实就是孟子的“大体”、张载的“天心”、陆九渊的“本心”、阳明的“良知”。这是他“圜三化四，不居一名”的个性特色与学术主张。所以，欲究其学，须通其大旨，于其言外悟其心，不可寻章摘句。
透过方以智著述的用语层面，本著通过对其心性论思想的全面探讨，笔者认为方以智中晚年所论，客观上本《易》讲於穆不已之天道、太极、贯几、公性等，主观上本《论》、《孟》谈仁、公心、潜体、率性等，以“人心即天”著明天人合一、心性一体，自《易》渗透《论》、《孟》，使之一贯无碍而互相发明，其思想亦因此而圆满。以此窥其学，则为牟宗三所言“纵贯系统”。如果就方以智的学术使命而论，则是以《周易》为本，接续阳明心学，补其缺憾，另有以易理会通三教之意。如果单从理学学术史的自身发展脉络来看，方以智的体用论、心性论又有回归北宋诸儒由《周易》和《中庸》为入路的学术特点。程明道“以觉训仁”、“至善无对”、“性无内外”、“廓然大公，物来而顺应”和“天人一本”的思想，以及张载“一故神，二故化”观点，都是方氏学旨的重要思想资源。另外，其“无知”、“无心”、“无意”、“无物”之说，显然亦深受王龙溪“四无”说的影响。以上诸元素并非扞格不融，因为程明道、王阳明、王龙溪本来就是一系[27]。这个结论既合其“提心宗而百家之理皆归一”之论，又不与施闰章“易理”说、黄宗羲的“言河洛之数，另出外意”说相矛盾。