“且行异类，托之冥权”，是方以智之所以逃儒归释的真实写照。虽然如此，其“从而三之”的思维方式，明显受到天台宗“三谛圆融”的影响；其体用圆融论亦与华严宗相关，如他说：“夫岂知华严一乘，即别是圆，无一尘非宝光，无一毛非海印乎？”关于方以智的思想归宗，我们不能“泥于迹”来定其说。方著中所出现的范畴都是经过他“炮制”、“烹饪”过的，其内涵别有新义。透过方著的用语层面，全书通过对其心性论的深入分析，认为方以智中晚年所论是以《周易》为本，接续阳明心学，补其缺憾，另有以易理会通三教之意。当然，程明道“以觉训仁”、“至善无对”、“性无内外”、“廓然大公，物来而顺应”和“天人一本”的思想，张载“一故神，二故化”观点，以及王龙溪“四无”之说，都是方以智心性论的重要思想资源。从其曾祖父方学渐“见世之谈心，往往以无善无恶为宗，有忧焉”之论来看，方以智不是谨守家学者。
[1] 《又寄尔公书》，见《岭外稿》（中），载《浮山文集前编》卷八。
[2] 《物理小识·总论》，总第745页。
[3] 《象环寤记》，载方以智：《东西均》，李学勤校点，北京，中华书局，1962，第161页。
[4] 庞朴注释：《东西均·象数》，第204页。
[5] 《象环寤记》，第161页。
[6] 方中通：《哀述》，载余英时：《方以智晚节考》之附录《方中通〈陪诗〉选抄》，第264页。
[7] 同上书，第264～265页。
[8] 施闰章：《无可大师六十序》，见余英时：《方以智晚节考》之附录《重要参考资料选辑》，第248页。
[9] 沈善洪、吴光编：《黄宗羲全集》第一册，杭州，浙江古籍出版社，2005，第367页。
[10] 余飏：《炮庄序》，载张永义、邢益海校点：《药地炮庄》，第5页。