方以智（1611—1671），字密之，号曼公等，明万历辛亥年（1611）生于安徽桐城一个世代为官的书香家庭。曾祖方学渐（1540—1615）是方氏家学的创建者，字达卿，号本庵，弟子私谥明善先生。方学渐早年师事耿定向，就系谱而言，当属王门后学左派，黄宗羲在《明儒学案》中将他归入“泰州学案”。祖父方大镇（1561—1631）字居静，号鲁岳、野同，谥文孝先生，方大镇二十八岁中进士。父方孔炤（1591—1655）字仁植、号潜夫。万历乙卯（1615）乡试中举人，翌年中进士，天启三年（1623）官至兵部主事，崇祯年间曾任湖广巡抚。方以智处优于人的治学环境，自幼既显非凡的才识，自述云：“年十五，十三经略能背讽；班史之书，略能粗举，长益博览百家。”[1]加上他生性好游、交友，又因心系时政而直谏不讳，故“弱冠负盛名”[2]，“名噪海内”[3]，何如宠谓其“深悉一时之故，诚不下汉室贾生也”[4]。
方以智一生留下《物理小识》、《通雅》、《博依集》、《浮山文集》、《易余》、《东西均》、《一贯问答》、《药地炮庄》等著作，其中《通雅》和《物理小识》早在清初就流入他邦，为海外学者所重。据冒怀辛先生统计，方以智的各类著作“约达四百万字以上”。所论遍及诗文、音韵、天文、地理、博物、医药、经学、哲学等方面。由于方以智晚年罹遭“粤案”，在当时严酷的政治环境下，有清一代学者多避而不敢称引其说，其著无人整理，其学亦不能流传于后，甚至他在“相看俱在失吾亲”这种众目睽睽下离世，时人讳而不敢详记，故而影响今人治其思想和生平。当然，方以智著作不得其传也与其“汪洋恣肆”（《四库提要》语）的言语有关，特别是其中年以后，“所著书好禅语，而会通以庄、《易》之旨，学者骤读之，多不解”（钱澄：《〈通雅〉序》）。诸多原因终致这位“东林——复社人物在理论上的总结者”（侯外庐语）的思想及著作在其死后的三百多年时间内长期湮没。从《明儒学案》一直到《汉学师承记》、《宋学渊源录》以及《清学案小识》、《清儒学案》，都没有他的名字。时至梁启超，尽管他在《中国近三百年学术史》中置方以智于《清初学海波澜余录》，却第一次喊出“密之学风，确与明季之空疏武断相反，而为清代考证学开其先河，则无可疑”[5]，并归纳其治学方法是尊疑、尊证、尊今三点，以见其未脱晚明儒者之面目。