方以智少年时代曾随父游川、闽、京等地，十九岁后，他常单独外出会友、交游，活动于江南一带。崇祯七年（1634），家乡桐城农民起义，方以智流寓南京。崇祯十三年（1640）中进士，任工部观政、翰林院编修、皇子定王讲官。同年其父因战败下狱，方以智请代父罪，未获准。清顺治元年（1644），方以智为农民军所获，后乘隙南逃，却被诬为“赎徒”，只得亡命南粤。顺治四年（1647），桂王朱由榔即帝位于肇庆，方以智任中允，但遭到太监王坤的排挤，旋即离职西去，隐遁于粤西、湘贵少数民族地区。后永历帝数召其入朝辅政，方以智称病不出，“十召坚隐”。清顺治八年（1651），方以智被清兵搜获，清帅见其坚贞不屈，遂许其在梧州的云盖寺出家为僧，法号无可。次年，随施闰章返桐城，方以智在家乡为逃避清廷征用，遂受戒于南京高座寺。顺治十二年（1655），父方孔炤病卒，方以智破关奔丧桐城，庐墓三年。期满，禅游闽赣，行无定所。清康熙四年（1665），方以智入主青原，清康熙九年（1670）称病退养于泰和首山陶庵。次年中“粤案”，在南解途中，舟行万安惶恐滩时方以智“完名全节以终”[1]。
方以智说：“尚论古今，贵有古今之识。考究家或失则拘，多不能持论，论尽其变。然不考究，何以审其时势，以要其生平？”[2]如果未详方以智一生之迹变，论其学术难免“或失则拘”。目前，学术界对方以智生平的研究已获丰富的成果，相对于其思想而言，其生平似乎更引人注目，尤其是余英时先生的《方以智晚节考》，影响颇大。
（一）关于方以智一生活动的分期
方以智身处“天崩地坼之日”[3]，他“跳北趼南，数履硙硙之刃”[4]，从早年的“诗酒狂生”到晚年“涂首垢面”一僧佗。其性情亦随之而变，从“慷慨激烈”的“直言极谏”至“不得已”而“支离连犿”；从青年的“汉室贾生”到“甲申之变”后的“卦刀不应”之隐者，等等。故于方以智的行迹分期尤为重要，此乃治其学之前提。早在1957年，侯外庐先生就以“方以智前期的学术作品以《通雅》一书为代表，后期的作品以《炮庄》为代表”[5]的分期方式，对方以智的思想进行了较深入地研究。当然，侯外庐先生旨在倡导方以智的学术成就，他并没有对其生平进行深度发掘，仅概以前、后两期。目前，关于方以智的生平与学术分期，学术界大致存有两种观点：一是持“三期说”，一是持“多期说”。