与同时代的大思想家顾炎武、黄宗羲、王夫之相比，方以智的不幸不仅表现在其晚年事迹隐晦不明，而且其著作至今亦难获全貌，更不用说对其思想的发掘了。方著于其中岁未成定型即遭大难，他在丙戌年（1646）《又寄尔公书》中说：“智弱冠灾木数十万言，皆词赋也。后稍稍有所进，著作古文，皆不以示人，考辨经史，不敢与人言论，以末世恶人学问也。矢死幸还，一切生平著作，所博记经史之疑，所收金石古文文字之原，所考天官与图律异记，所讯边事土情，俱灰烬矣。流离南海，时为门人姚端有所纂录，及入楚遁沅，又多亡失。”及披缁北归，晚年所作，仅有《炮庄》得友人资助才得以生前雕刻，大多至今仍为手抄本流行。《清史稿·遗逸传》称他“著书数十万言，惟《通雅》、《物理小识》二书盛行于世”，其实“盛行于世”实为誉辞，因为有清一代，鲜有称引者。时至今日，连其著作名称及数量亦难以获得清楚的认识，除了《清史稿》称其“著书数十万言”之外，也有学者认为方以智有“数百万言的著作”[1]，有的认为其“侥幸传世的几百万字的著述，且不说那些手抄本，即便少数刻本亦多为孤本，都甚难得见”[2]。
早在1957年，侯外庐先生就着手对方以智的著作进行搜集与整理，除《通雅》与《物理小识》外，据其所见，尚有24种著作，其中多为抄本。哲学著作除了《炮庄》“成都美学林排印不全”外，其余全为抄本[3]。1981年冒怀辛、金隆德先生分早、中、晚期对方以智重要的哲学著作进行了考辨和介绍[4]。其中于方以智著作考证最系统、最全面者，当属1985年出版的任道斌先生《方以智著述知见录》，该著“承北京图书馆、安徽博物馆、浙江图书馆、谢国桢先生、刘慎旃先生等提供宝贵资料，又屡引饶宗颐、郑德坤、余英时等先生论文资料”，分“诗词歌赋类”、“文集”和“画册、题跋及墨迹”三类，共考订方以智著述一百四十六种[5]。任先生详细地介绍了各著的存留现状、主要内容、写作时期、卷数和字数等，极大地方便了学术界对方以智著作的收集、整理与研究。后来，蒋国保先生《方以智哲学思想研究》专辟“方以智著作索考”一章，将其“多年来收集到的有关方以智著述”一百四十种，进行了分类、考辨。蒋先生的有些工作做得更为细致，如其将方以智的“传世的著作”与“佚著”分开，在“传世著作”中又分“博物及自然科学类”、“诗文类”、“哲学类”和“综合类”等，尤其是其中的“佚著考略”部分，读之足信。由于任、蒋二先生对于方著的闻见略有不同，二著相资为用则更妙。