自侯外庐始，尤其是1962年《东西均》行世以来，方以智的哲学思想才受到学界的广泛关注。余英时先生曾简要地概括了三百多年来世人对方以智思想发掘的发展过程，他说：“密之著述等身，其传世者以《通雅》五十二卷、《物理小识》十二卷、《药地炮庄》九卷为最有名。其中《通雅》一书尤为学者所称道，四库馆臣至谓其开顾炎武、阎若璩、朱彝尊辈考证之先河。近五十年来，西学大盛于中土，密之因与明末耶稣会传教士极有渊源，故其著作中涉及自然科学与音韵学之部分复备受世人之重视。自1962年密之遗稿《东西均》行世，世之治密之之学者又转其注意力于密之之哲学思想焉。”[1]余英时先生认为，三百多年以来，密之之学受世人关注者，随时而易，大致可分三个阶段：有清一代多重其考据学，在东西文化碰撞的近代多重其自然科学和音韵学，自《东西均》行世以来学者多究其哲学思想。也就是说，关于方以智哲学思想的研究只是“自1962年密之遗稿《东西均》行世”以来的事。
（一）对方以智宇宙观的探讨
关于方以智宇宙观，学术界的看法主要有三种：第一种认为方以智是唯物主义者。其中又有差异，或认为是火一元论，或认为是气一元论，或认为是火—气一元论；第二种认为方以智是客观唯心主义者；第三种认为其早期是唯物主义，而晚期转向唯心主义。
最早对方以智哲学思想进行系统研究的侯外庐先生认为“从他的自然体系说来讲，他的世界观是以‘火’为中心的唯物主义一元论”[2]，“方以智的唯物主义宇宙观点是火的一元论。这在他的著作中是经常可见的，……但是一般他仍用气的范畴。”[3]此说一出即受众多学者的呼应，视火一元论为方以智独特的思想特征，如张德钧就认为“方以智哲学思想的最大特点，则是他在气一元论的理论基础上更补充了‘五行尊火论’、‘凡运动皆火之为’崭新的说法”[4]。潘富恩等先生认为“方以智认为‘火’是物质世界的本源，同时又是物质世界所固有的属性——‘运动’”[5]。冒怀辛先生也认为“‘气’一元论的唯物主义自然观，不能算是方以智哲学思想的特点，而它的最大特点则是提出了‘火’一元论，火是万物生死运动的本原”[6]。冒先生进一步分析了“火”的特性：第一，具有物质性；第二，具有永恒性；第三，具有普遍性；第四，具有内在的矛盾性。[7]杨向奎先生虽亦持方以智“火一元论”的观点，但并不认为此说为方以智所独创，他说：“无论在中国或者是欧洲，以‘火’为宇宙生成的基本物质都不是新鲜命题。中国古老的五行中有火，在古希腊诗人兼哲学家赫拉克利特（Heraclitus）看来，以太火乃是基本元素或实在，是一种灵魂的材料，一切都用它造成，也都要回到它那里去。……我们相互比较后，知道方以智的‘火’的理论以及辩证法的思想是和赫拉克利特的观点相似或相同的。当然，不是方以智在抄袭，因为他不可能看到古希腊哲人的学说，只能说前后哲人的理论相似或者相同。他们之间的时间差距已近两千年，两千年前的学说，两千年后由别国人重复，这还有什么科学价值或者是哲学上的意义吗？我们不能简单地看问题，科学以及哲学的发展并不是直线的，它往往是循环往复的。”[8]并由此得出“明、清两代，这中国封建社会的后期，无论如何，敌不过发展时期的资本主义，我们落后了一个时代”的结论。