（一）衔接不畅，机构职责不清
目前，高校固定资产会计核算仍存在一定程度上的不足。例如，固定资产的定期或不定期盘点清查制度难以落实，账实不符现象较严重；财务管理部门与资产管理部门定期对账制度未能严格执行，账账不符现象时有发生；由于基建会计独立核算，对于部分建设周期较长的项目在竣工决算前两部门未核对往来款金额，数据口径不一致等原因造成账账不符。
另外，机构职责不清还体现在无形资产管理弱化上。新高校会计制度明确规定，高等学校持有的没有实物形态的可辨认非货币性资产，应确认为无形资产。由于资产管理部门大多仅重视固定资产的管理，在资产系统里将土地使用权并入房屋建筑物的价值，将所有软件视同电脑一样，作为通用设备报增固定资产。由于对无形资产计量的依据不足，难以进行评估入账，职能部门权责界定不清，有些高校干脆就不确认无形资产，造成财务信息失真。
（二）二者融合的制度不健全
一方面，高校的财务管理制度受传统财务管理体系的影响，长期固化，科学性、有效性都存在不足，不能适应新的情况，导致高校财务管理人员在执行财务制度和满足财务服务工作需求中，存在两难选择；另一方面，财务管理的一些关键环节制度不健全，业务操作缺乏相应的控制规程，缺乏财务信息披露制度和考核机制，监管系统不完备，容易造成风险和资产流失。
（三）分类标准不一致
在财务系统上的资产按照会计科目的分类包括流动资产、固定资产、在建工程、无形资产和对外投资等；资产系统上的资产一般只包括固定资产。资产系统上的固定资产有两套分类标准：按照《高等学校财务制度》的分类，高等学校的固定资产一般分为房屋及构筑物，专用设备，通用设备，文物和陈列品，图书、档案，家具、用具、装具及动植物6类；按照高等学校固定资产分类及编码，分为16类。仅以固定资产为例，两套系统很难一一对应，造成了价值管理和实物管理的脱节。