（一）采购制度不够完善
政府采购在我国实施时间不长，相关法律、法规、制度不够完善，这导致高校在实施政府采购的过程中还存在一些问题。近几年来，国家有关部门也在对政府采购法律体系进行不断修改和完善，但仍然有一些相关的制度尚未出台。有些高校在政府采购法及实施条例等的框架下，结合高校自身的采购工作实际，制定了全方位、多层次的制度体系，出台了采购管理办法及配套实施细则。在采购管理过程中，这些制度起到了纲领性的作用，减少了采购过程的人为因素，增加了采购管理的透明度，加强了风险管控，提高了采购效率和质量。但有些高校采购制度不健全，尤其缺乏具有指导性、实用性、可操作性强的采购制度体系，导致高校相关部门在政府采购的具体执行中，遇到很多实际问题而无法得到有效解决。
（二）采购预算不够严谨
采购预算是高校实施采购的依据。一些高校采购计划粗糙，采购需求编制没有经过充分的市场调研，没有做到根据用途确定需求的类型，根据实际需求选择功能。高校采购资金来源多样，很多科研经费或者财政拨款到年底如有结余会面临清零的情形，从而年终临时用钱、突击采购的现象严重，导致预算编制缺乏科学性和准确性，与采购执行脱节。
（三）采购流程不够规范
无论采用何种政府采购方式，都应当合法合规地执行相应的政府采购程序。有的高校缺乏政府采购的规章制度、管理办法，政府采购工作无章可循；有的高校随意采购，滥用采购方式，没有按照采购预算及采购项目的类型、特点选择合适的采购方式；还有的高校缺乏专业人员，采购文件编制质量不高，采购活动组织不严谨，评审专家存在“专家不专”“专家不足”等问题，从而导致采购质量不佳，大大影响了政府采购的效果。