科举制打通了平民知识分子的上升路径，营造了相对公平的官员晋升机制，无论从主政者的角度还是从士人角度，相比于前朝都是一项利大于弊的事情。但是，隋唐时期科举初创，无论从考试方式、考查内容还是录取人数看，都依然存在诸多弊端。
科举在隋唐的第一个弊端就是考生信息公开，容易作弊。唐朝科举没有糊名之法，科考官员可以轻易掌握考生的信息，录取“关系户”也成了轻而易举之事，高门显贵向主考官软硬兼施、徇私舞弊经常见诸于史。中唐时，段文昌曾为宰相，诗人杨凭的儿子杨浑之多次向他行贿，求他向主考官钱徽推举自己。但杨浑之才智平庸，钱徽秉公审卷，没有录取他。段文昌反咬一口，说钱徽科考舞弊，钱徽因而被贬。科考之混乱，可见一斑。马端临评价唐朝科举，认为公开考生姓名等信息可以让考官全面掌握考生情况，“采取誉望”，但他也认为，往往“权幸之嘱，亦可畏也”。[20]
此外，唐朝科举考查的内容也颇有不妥当之处。如前所述，至唐贞观年间，科举确定以明经、进士两科为常列，明经专注贴经，进士则考查诗词文赋等内容，两项难易有别，但都难说是为官所需的“实学”。唐朝文学大兴，但考中进士的诸多才子中，真正在政坛能够大显身手的却不多见。此外，进士科考查范围广阔而难于把握，如白居易一般的文学天才，从初次应试到终于及第都用了十余年时间，更多普通资质的士子只能死记硬背。唐朝类书大兴，其编纂的初衷就是“但见主司命题欲求实学，率皆采取传注，编摭故实，或搜求陈腐之类书，以备场屋之用”[21]。唐朝类书的编纂形式与辑录内容也体现了其“以备场屋之用”的特点。以《初学记》为例，该书著于唐玄宗开元年间，其时科举之制已定，进士主试诗赋，而《初学记》的编纂目的在其“序言”中也说得很分明：“以近世有摘六经诸子百家之言而记之，凡三十卷，开卷而上下千数百年之事皆在其目前。可用以骈四偶六，协律谐吕，为今人之文以载古人之道。”从编写体例看，《初学记》全书23部，分成313个子目，先列“叙事”，次为“事对”，最后是诗文，其中“叙事”汇集与子目相关的各种资料、典故；“事对”则专列对偶式的典故，下注出处，可为作骈文所参考；“诗文”则择取与子目相关的文学佳句，供作诗为文时的参考借鉴。《初学记》的作者在序中言明“愿学者摭此以成文，因文以贯道，祈至于文王、孔子之用心处而后止。毋为猎取其新奇壮丽之语，雕章缋句，以治聋俗之耳目。”这番劝诫虽然言辞恳切，但效果似乎并不明显。至北宋，欧阳修对此仍颇有微词：“学者不根经术，不本道理，但能诵诗赋，节抄《六帖》、《初学记》之类者，便可剽盗偶俪，以应试格，而童年新学全不晓事之人，往往幸而中选。”[22]不但考试时所作诗文要依赖类书，唐人所作“行卷”之文许多也赖类书所提供的诗文典故。白居易作《白氏六帖》，被后人评论为“使学者不执业不占毕而有博闻之益”[23]之作，唐朝科举的漏洞与局限，于此亦可见一斑。