在江浙漕粮海运如火如荼进行的同时，清廷中恢复河运的呼声也不绝于耳。试行夹板船失败之后，朝廷关注的焦点也渐渐转移到河运上来。漕粮河运的恢复既有海运不安定因素的影响，更与河运相关利益集团的努力争取密切相连。
同治四年（1865），漕运总督吴棠向朝廷提出奏请，称太平军的威胁已经解除，东南军务大定，请求试办河运。他打算动用淮军军需捐款来购米2万石河运，最终得到朝廷的批准。后来，清廷又要求吴棠将采购的米数增加到30600石。这次河运江北漕粮于次年的八月全部抵达通州，相关的人员也得到奖赏。不过，此次试办算不上是一次成功的河运。因为当漕船返回山东的时候，河道出现淤塞，使得船只直到同治五年（1866）的三月都未能顺利南归，船主深以为苦。
同治五年（1866）初，河运再起。不料，此时捻军向东进军，淮河一线形势变得紧张万分。直到四月十五日，江北漕粮才决定从扬州启程北上。可是，河东河道总督张之万却又发来急报，要求漕船推迟启程，原来捻军威胁尚未解除，且还需要仰赖运河来抵御进攻。朝廷只得饬令粮道随时探明捻军的行动，相机行事，妥善安排好漕粮的运输进程。结果这一年河运的效果比以往更糟，为了区区4万石米，山东不得不耗费大量人力物力去疏浚运河及黄河。
清代两江总督衙署
同治六年（1867），江北的漕粮因为水灾被全部截留停运。随后两年漕粮都改行海运。同治八年的十一月，在户部的要求下，两江总督马新贻重提河运，并于次年二月上奏了河运章程。同治九年（1870）六月，马新贻再次向朝廷奏报，河运的漕米已经分六次购置完毕，但其中过程实在艰辛。四月以后，因为下河一带天气持久地干旱，河水干涸，必须用小船将米粮运至高邮的头二闸及子婴闸，然后再用箩筐挑运，每天收米不过数十石至百余石不等。随后又遇上连日大雨，经过一番周折，漕粮在五月底才结束交兑，正式启程。