晚清国粹派不仅有着排满革命共同的政治基础，而且作为一个学术派别，就其主要代表人物而言，又有着共同的学术渊源关系。此种政治上、学术上的双向趋同，使国粹派较之其他政治派别具有更加耐久的维系力。同时，也因是之故，探讨其学术渊源，可使我们对国粹派及其文化思想的理解，多一层历史感。
国粹派共同的学术渊源，就在于他们都承继了清代朴学的绪余。
朴学即汉学，为清学中坚。清初顾炎武开其先河，迄乾嘉间，蔚为大观，渐成以惠栋为首的吴派和以戴震为首的皖派两大学派。吴派尊崇汉学，笃守家法，为学最专，但“不问‘真不真’，惟问‘汉不汉’”，略嫌猵狭；皖派为学最精，“实事求是，不主一家”，被梁启超誉为最能体现清学精神即体现科学与解放精神的理性学派。[1]戴震之后，其弟子异趋，衍成几多学派。其中，扬州学派、浙江学派和岭南学派，更具影响。迨清末，三派的流风余韵，风云际会，复缘国粹派而彰显。
扬州学派 扬州于乾嘉之际，实为吴、皖两派汉学交汇之区。惠栋吴派弟子多来居扬州，若汪中、刘台拱、李惇、贾田祖、江藩等以次兴起。皖派巨擘戴震本人曾久居扬州，其弟子除金坛段玉裁外，也以扬州为盛。高邮王念孙、王引之父子，传其形声训诂之学；兴化任大椿传其典章制度之学；江都焦循则扩其义理之学。仪征阮元，友于王氏、任氏、焦氏，复从戴震乡里同学凌廷堪、程瑶田问故，得其师说。吴、皖二派在这里并非互相对立，而是彼此交融。汪中、李惇，刘台拱均为王念孙同里，彼此交善。刘台拱正是在王的影响下，专意说经；而汪中则自谓上承顾炎武、惠栋、戴震一脉相传的余绪，并拟作《六儒颂》。[2]所以，由任大椿诸人开其先河的扬州学派，实兼容吴、皖二派而成长。道、咸间，阮元以古学跻显位，风声所树，扬州经师辈出，一时称盛：“盖乾嘉道咸之朝，扬州经学之盛，自苏常外，东南郡邑，无能与比焉。”[3]不过，刘师培强调，从汪中到其先祖，扬州学派乃得戴震真传，为皖派嫡系。所以他在《戴震传》中说：“故先生之学，惟扬州之儒得其传 ，则发挥光大固吾郡学者之责也。”[4]刘师培的曾祖父刘文淇，早年受经于凌曙，又从阮元问故，与刘宝楠同为扬州学派的后劲，故淮东有“二刘”之目。刘家世传经学，刘文淇与其子毓崧、孙寿曾，均以经学名于道咸同光四朝，并列《国史·儒林传》。刘师培的父亲贵曾，亦以经术发名东南。所以，刘师培少承家学，“未冠即耿思著述，服膺汉学，以绍述先业，昌洋扬州学派自任”。[5]当代著名学者张舜徽先生也肯定说：“刘师培出生的年代虽较晚，却是清代扬州学派的殿军。”[6]