国粹派始终强调保存史籍是保存国粹和进行史学研究的前提，因此于此竭尽全力，卓著建树。
中国古代史籍因清初清朝统治者一再大规模毁禁图书，损失惨重。其后，尤其是鸦片战争后，兵燹屡兴，亡佚益甚。国学保存会一成立便注重收集遗文孤本。其主要途径有三：一是在《国粹学报》不断公开征集。例如，其第4年第2期上就刊有征集黄梨洲遗书的广告，并公布了黄七世宗子提供的52种著作总目；二是发动会员广为访求。1908年年初，黄节从广东来信报告说：“日来访求忠义之迹”颇有收获，计访得陈独漉真迹字二幅，清湘残梅一付，并魏征字真迹，元祐党人碑一幅。又去番禺新汀屈翁山故乡访其遗书。在广州复发现了郑所南、史可法等人真迹，拟或购借或摄影而归[1]。此种访求通过留学生扩展到了日本。《国粹学报》常刊有报告日本各图书馆收藏中国古籍情况的来信。1907年刘师培甫到日本即报告：在东京博物馆发现宋版《玉篇广韵》、医书数种、唐石刻及字画等[2]；三是通过书贩收购。国粹派为收集珍贵史籍历尽艰辛，可从邓实访求《钱牧斋初学集笺注》、《有学集笺注》看出来。钱谦益为清初著名学者，乾隆时著作遭禁毁，“几于只字不存”。迄晚清，藏书稍出。邓实自谓：“余托书贾物色将近十年，今乃获之（指《初学》、《有学》二集）”。此前，他已先访得钱著《投笔集》、《吾灰集》及钱笺杜诗等，但尚缺钱氏所选《列朝诗集》及其文集、尺牍。他在《国粹学报》上撰文说：“至今未得，心常怦怦，世有藏者，如能割爱，余固不惜兼金以相酬耳”[3]。不惜重金收购，足见其用心良苦。但也唯其如此，获致颇丰。例如，是时《龚定盦集》不下十数种，但所据不外武林吴氏本、平湖朱氏本而已，皆未得见魏源定本及其子龚孝珙手编定本。1907年邓实辗转获得《定盦诗文》手稿4卷（9～12卷），是为龚孝珙在魏源定本的基础上重定之手编原迹。1910年又获致龚孝珙定本前8卷，由是《定盦全集》始有定本，包括《定盦外集》、《定盦诗定本》、《定盦词定本》、《集外未刻诗词》，成为其时收集最全的龚自珍著作合集[4]。此外，《章学斋述学驳义》四篇，世无传本，由学诚世交处抄得之；《战国纪年》（40卷，晋陵汤氏撰），得之闽贾，不见著录，为旧抄本；《大广益会玉篇》（30卷，梁顾野天撰），唐本久佚，此为最旧的元刻本。如此等等。