这一时段的文献中既有中土文献与汉译佛经的区别，也有言文脱节所体现出来的新陈代谢的趋势，因而语气词的使用与上一时期相比，也体现出一些新的特质。
这一时期新产生的语气词有“为”“不”“时”“那”“来”“看”等，它们的来源及使用状况在后文陆续有讨论，此处不赘。从上古继承下来的语气词，有“也”“矣”“焉”“者”“尔”“而已”“耳”“已”“乎”“哉”“夫”“与”等。不过继承中往往有一定的变化或创新：一些语气词的使用频率逐渐降低，如“与”“夫”等；一些语气词的使用有了扩展，或者语气义有了新的发展，如“乎”“耳”“也”等。
不同种类的文献中语气词的使用也呈现出一定的差异，新产生的语气词往往在口语程度高的文献中最早出现，传承下来的语气词在文言程度高的文献中使用频率往往更高。关于语气词在不同文献中的使用差异，第六节“南北朝语气词系统”有具体数据统计和一些讨论。此处简单介绍几个源于上古、不过用法又有一定变化的语气词。
（一）矣
这一时期的“矣”主要还是表动态陈述，即现时相关性。如：
（1）（嵇）康临去，（孙）登曰：“君才则高矣，保身之道不足。”（《世说新语·栖逸》）
（2）尔时，难陀有从者，白难陀言：“浴时已到，今可去矣。”（刘宋·求那跋陀罗《杂阿含经》卷三十）
不过六朝以来“矣”的使用明显减少，这点在译经中更为明显。孙锡信认为造成“矣”减少的原因在于用之不嫌其多，缺之不嫌其少，并举了如下两例作对比[11]：
（3）伶跪而祝曰：“天生刘伶，以酒为名，一饮一斛，五斗解酲。妇人之言，慎不可听！”便引酒进肉，隗然已醉矣。（《世说新语·任诞》）