现代科学意义上的语气和语气词研究肇端于《马氏文通》。在该书中，马建忠确立了语气作为一种语法范畴的地位，语气词也单列为一类词（马氏在书中称作“助字”），讨论得非常详细。马氏继承了柳宗元的传信、传疑二分法，不过他也认识到了语气词所助语气的复杂性，所以又说：“二者固不足以概助字之用，而大较则然也。”[18]在虚字卷之九，马氏共讨论了传信助字“也”“矣”“已”“耳”“尔”“焉”“者”；传疑助字“乎”“哉”“耶”“欤”“诸”“夫”；另外还讨论了合助助字（即我们现在所说的语气词连用或同现）。
《马氏文通》的助字（语气词）研究有这样几个特点：①注重比较。如“‘也’字所以助论断之辞气，‘矣’字惟以助叙说之辞气。故凡句意之为当然者，‘也’字结之，已然者，‘矣’字结之”[19]。这一论断至今都是公论。②注重联系句式。如“故句有助动字为坐动者，概煞‘也’字，而‘可’‘足’两字最习用也”[20]。又如“凡‘况’字冠乎句首，往往助以‘乎’字，盖句内皆有含蓄之语”[21]。这类分析在《马氏文通》中比比皆是，也为后人所吸收。③不区分时间因素，将先秦至唐的文献都处理成泛时的语料。看到了语言的发展变化，可是仍不区分历时语料，这点招致了后人的诸多批评。总的来说，《马氏文通》的语气词研究瑕疵并存，宋绍年的评价比较公允，可以参考。[22]另外值得一提的是马建忠在分析六个传疑助字时认为：“六字所助，句读中之动字耳。”[23]这就牵涉到语气词的层次了。现在通行的观点是认为语气词独立于句子意义和结构之外，传达的只是说话人的主观情绪、语气；但宋绍年却肯定了马氏的说法[24]，看来语气词的句法层次问题仍有探讨之必要。