美日军事战略对立源于1897年的移民问题，当时日本移民在夏威夷占大多数，因此东京拒绝承认美国对夏威夷拥有优先统治权。为保护本国侨民，日本与谋求吞并夏威夷的美国发生摩擦，两国为此均向火奴鲁鲁派出军舰。[29]由于自身的军事力量还十分有限并且得不到其他列强的支持，日本政府认为最好的方式是承认美国在夏威夷的统治，但是“1897年的夏威夷事件是一个标志，从那一年起，可以从美国海军的文件中发现，日本被当作一个海军的竞争对手被提及”[30]。海军军事学院院长阿尔弗雷德·马汉向海军助理部长西奥多·罗斯福进言，太平洋应优于大西洋，为对付日本，应为太平洋建造战舰并加速巴拿马运河的开凿工作。5月末，西奥多·罗斯福要海军军事学院解决对付日本或西班牙，或者同时对付两者的问题。[31]
美西战争后，美国获得了菲律宾、关岛，成为一个太平洋的帝国，这相当程度上可以归因于“日本在太平洋的威胁刺激了美国”[32]。由于菲律宾和关岛离当时日本占领下的中国台湾很近，为保护自身的利益，就需要制订一个战略计划。1900年4月，海军军事学院的约翰·埃利科特（John M.Ellicott）应刚刚成立的海军总委员会的要求提交了一份研究报告。
报告警告称，如果欧洲大陆强国（意指俄国）或日本在太平洋攻击美国，他们将首先攻击菲律宾，所以美国应在菲律宾建立能满足防御需要的基地，以对付日本或俄国。在埃利科特看来，美国在远东的舰队规模只要达到日本或俄国的一半，即可成功保卫菲律宾群岛。[33]然而，菲律宾基地的建设计划因得不到国会的全力支持而停滞不前。
另一方面，尽管此时认识到日本的潜在危险性，但美国在远东更多的还是倾向于借日本之手削弱和排挤沙俄在中国东北的势力，并力图使日本侵占的领土逐渐在资本上依赖于美国，希望“日本将像一个男仆那样为门户开放服务”[34]。因此，在美国政府眼中，1902年建立的英日同盟被看成是支持“门户开放”的稳定因素而受到欢迎，美国成为英日同盟“不具名的伙伴”[35]。美国海军上将乔治·里米（George C.Remey）在海军总委员会宣称，英国和日本是最难以对付的敌人，但幸运的是，在可能与俄国和法国的战争中，甚至与德国的战争中，它们却是最可能与美国联盟的国家。[36]美国海军为此还制订过美日两军合作从日本出发进攻符拉迪沃斯托克的作战计划，以及两军共同防御北海道的计划。因此，美国政府乐于见到日本在日俄战争中取得胜利。西奥多·罗斯福总统声称：“我将对日本的胜利极为满意，因为日本在为我们赌博。”[37]