《坛经》是研究六祖思想的主要材料，但因其版本较多，众说纷纭，使人莫知所从。又一般认为《坛经》乃六祖所说、法海集记，但自胡适著《荷泽大师神会传》等，标立新说，认为《坛经》乃是神会杰作以来，又起纷争，为《坛经》研究提出了新的课题。此部分即试图从《坛经》几种主要版本的考证探究有关《坛经》的一些主要问题，以期得到对之较为准确的理解。
《坛经》版本中具有独立价值的是敦煌本、两卷本（即所谓惠昕本）和曹溪原本（契嵩本），宗宝本依曹溪原本而成，与之类似，德异本更是曹溪原本的翻版。其中以敦煌本和曹溪原本的价值最大，两卷本是二者的折中。下面即通过对这几个主要版本的研究考证《坛经》的作者、时间、流传等问题。
依诸本所述，《坛经》可分为两个部分。第一部分是六祖在大梵寺所说法，由法海记录整理，这是其主体，因为是六祖亲说，故价值最大。第二部分是记载六祖行化及灭度等史事的，其中也有六祖语录，这一部分并非全是六祖自说，而是由门人编著的，法海是主要编著者。关于第一部分，诸本内容基本一致，唯敦煌本较略，两卷本（惠昕本）、曹溪原本较详，应当说确实是六祖大梵寺说法的记录，只是详略有异、抄本不一而已。第一部分在两卷本（惠昕本）为一缘起说法门，二悟法传衣门，三为时众说定慧门，四教授坐禅门，五说传香忏悔发愿门，六说一体三身门，七说摩诃般若波罗密门，八问答功德及西方相状门；在曹溪原本为悟法传衣第一，释功德净土第二，定慧一体第三，教授坐禅第四，传香忏悔第五。这一部分次第分明，内容连贯，涉及了禅、教、净土诸方面，全面系统地体现了六祖“自性是佛”的宗旨，也是《坛经》的第一本和后来诸本的底本。这一底本可能是经六祖首可并订正的，诸本中皆有“流传坛经”等语，大概多指此底本，这也表明确实有一本六祖亲述的《坛经》，并非都是后人的伪作或妄改之书。