前文对六祖的生平历史和《坛经》主要版本作了考释，在此基础上，将进一步探讨六祖的思想和说法宗旨。根据前文，《坛经》可分为两个部分，第一部分即大梵寺说法，集中体现了六祖的思想和宗旨，且诸本基本一致，下面即以此为材料对六祖思想进行探讨。另外曹溪原本是诸本中时间最早、内容最翔实、文字最好的一种，因此亦以此本为主要依据揭示六祖的人格、风范和宗旨。
六祖是一个自悟玄机的非常之人，在得五祖正式传法前就已对佛法有了相当深刻的理解。一闻人诵《金刚经》便开始悟道，表现了他的天生利根，继而辞亲远行以求道，更表现了他对佛教坚定不移的信心。从初见五祖时的佛性问答上，可以看到六祖对人人本具之佛性已经有了深刻的认识，故受到五祖的器重。而这一时期他的佛学思想的集中体现，便是他的传法偈语。此偈语是六祖思想发展史上的关键，一方面是他前期思想的展现，同时又是他得法的根据，是他建立自己的新思想的起点。
根据上文对《坛经》的考证，偈语之真假已不待说明。但不少人认为偈语是后人伪托，且诸本所载偈语有小异，更添疑惑。今先考证一下偈语之真假。五祖令门人作偈明心，以传衣钵。时神秀为上座，其他弟子自知弗如，故不敢作。因此只有神秀、惠能二人之偈。敦煌本神秀偈云：“身是菩提树，心如明镜台。时时勤拂拭，莫使有尘埃。”惠能偈有二，一云：“菩提本无树，明镜亦无台。佛性常清净，何处有尘埃！”二云：“心是菩提树，身为明镜台。明镜本清净，何处染尘埃！”两卷本神秀偈“有”作“染”，惠能偈云：“菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处有尘埃！”曹溪原本神秀偈云：“身是菩提树，心如明镜台。时时勤拂拭，勿使惹尘埃。”惠能偈云：“菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃！”