教基〔1999〕13号文件指出：“各级教育行政部门和学校要把中小学校心理健康教育，作为深化教育改革，全面推进素质教育的一项重要工作。”
建立高效能的管理体制是中小学校心理健康教育获得全面、健康发展的重要组织保证。一般学校心理健康教育工作的上级领导是市教育委员会德育处，由该处负责组织领导全市各学校的心理健康教育工作。各学校一般由负责德育工作的副校长主持、领导本学校的心理健康教育工作，校长要在校党委（党总支）的领导下，认真抓好学校心理健康教育的组织与协调工作。
学校心理咨询（辅导）室的教师在校长的领导下，负责学校心理健康教育的具体工作，学校心理咨询（辅导）室的工作职责有五个方面（见第十四章心理健康教育的途径）。校长应监督心理咨询（辅导）教师遵循心理咨询（辅导）工作守则开展工作。学校各相关部门的教师要积极支持、配合心理咨询（辅导）室开展心理健康教育工作。
学校心理健康教育的日常经费要列入学校专项经费，并逐年有所增加，要着重保证心理咨询（辅导）室的建设和专、兼职心理咨询（辅导）教师进修的需要。
教育部教基〔1999〕13号文件要求：学校要逐步建立在校长的领导下，以思想品德课和思想政治课教师、班主任和团、队（专职共青团、少先队）干部为主体，专、兼职心理咨询（辅导）教师为骨干，全体教师共同参与的心理健康教育工作体制。
天津实验中学经过二十余年的努力，已经建立了比较完整的心理健康教育的组织体系。他们自1992年10月成立了“学校心理健康服务中心”这一专门的组织机构。主管德育的校长任“中心”主任，专职科研人员和临床心理医生任副主任。下设课程指导组、家庭教育指导组、秘书组。又相应地建立了心理诊断室、心理咨询室、心理专家门诊、年级心理辅导站、心理阅览室、心理资料室以及心理热线电话。主管校长亲自指挥、督促与检查各方面的工作，提供人、财、物的保证；临床心理医生直接参与并指导学校心理健康教育；专职教师和研究人员具体负责“中心”的日常工作和科研。并且建立了自上而下的“中心”——年级心理辅导站、班级心理辅导小组的组织结构模式，见图16-1。