客观地说，由于人们认识能力的局限性，每一种理论都不是完美无缺的，总会存在这样或那样的不足和缺陷。与其他理论一样，行为主义理论也受到了人们的批评、指责，其中比较重要的非议，有以下几点：
一、错误地将人类等同于动物
行为主义者对人类心理的研究，往往以动物（如老鼠、鸽子）作为研究对象。一个无可争辩的事实是，人类是不能简单地等同于动物的。因此，无论多拉德和米勒如何辩解，批评者仍然认为像老鼠逃到安全隔间之事与其说是模拟人类的情况，不如说像一场滑稽剧；斯金纳依据鸽子啄取彩色圆盘的研究结果，来解释、推论人类的行为，也是非常可笑的。如此微观、表面、简单的行为怎能和复杂、多变的人类行为同日而语？实质上，人类的行为更多地受自我意识支配，人有自由意志和选择的权利。人是有理性的，而不是仅仅受初级需要、内驱力所驱动的简单的有机体。
二、行为评估信度、效度的质疑
行为主义者常常以行为评估的科学性和严谨性为荣。事实上，行为评估本身非常复杂，包括许多技巧的结合，与所谓严谨、客观或心理测量的可靠性、有效性相差甚远。例如，行为评估的信度就值得怀疑。不同的人对行为评定或记录的方法各不相同，这点势必造成行为评估缺乏稳定性。另外，行为评估过程是否真正测量出了其所要测量的事物？这点尤其值得关注。角色扮演情境中攻击行为的次数是否就是一个人一般敌意水平的一个有效指标？观察员对一个人在家里所表现出的依赖行为的评分，是否就能准确地反映出这位观察员不在场时的依赖情形呢？显然，我们必须考虑观察员对被观察者的影响以及被观察者表现的真实性等问题。此外，行为评估者往往只依据较少的行为样本就得出某一结论，其研究的生态效度到底有多大？其研究结果是否具有普遍性和代表性？其研究结论推广的价值如何？