吏部把海瑞安排到中央，也是认为海瑞这样的人虽然方正，却少变通，更适合在条条上工作，而不适于块块。户部云南司主事主要职掌的是各地的财政税收监管工作，实际上不过是签签公文，专业性较强，和其他部门发生关系较少，相对安静。这一回，海瑞应该能够安分工作了吧。
没想到，在这个“相对安静”的岗位上，海瑞却闯了个塌天大祸。
嘉靖四十五年（1566年）二月，任户部主事一年后，海瑞上了那道使他留名千载的“骂皇帝疏”，即《直言天下第一事疏》。
嘉靖皇帝可以算作一个典型的“昏君”。他个性很强，行事荒唐且固执己见，从不与大臣妥协。他酷爱方术，为了炼出长生不老药，竟然摧残宫女，以获原料。宫女们走投无路，联合起来趁他睡着之时，企图用丝带勒死他，然而慌张中丝带被打成死结，嘉靖大难不死，是为明史上有名的“宫婢之变”。然而，他并没有从此事中吸取教训，反而变本加厉，从此干脆搬出皇宫，不再上朝，专心修炼。大臣们起初也曾拼死相争，然而争不过这位“性刚”的皇帝。要知道，这位皇帝即位之初曾一怒之下廷杖一百八十人，其中十七人被当场活活打死。在多人被罢官免职，甚至被处以重刑之后，非议皇帝的声音消失了，“无敢言时政者”[1]。更多的大臣投皇帝所好，向皇帝献祥瑞，给皇帝写作法用的青词。朝廷上弥漫着一股请仙设坛的香烟味道。
然而，海瑞进京了，死气沉沉的政治局面注定要被打破。他做地方官时，天高皇帝远，无缘关心朝廷之事。而现在，来到了国家的政治中心，关于皇帝无道、朝政日非的桩桩件件呈现在他面前。他的道德观、责任感使他无法保持沉默。海瑞只承认天理，不承认形势。皇帝“性刚”，他的“性”更刚。皇帝无道，臣子直言，这对海瑞来说，就像一加一等于二那样简单。