既要马儿跑，又要马儿不吃草，那就要加强对马匹的监管和鞭策。朱元璋虽然文化水平不高，但是思维却非常缜密，这在他的反腐、防腐措施中也能体现出来。
朱元璋特别重视监察系统的建设，他设计了一套非常复杂的监察系统。
洪武十五年（1382年），朱元璋确定都察院为最高监察机关，负责对中央包括六部的监察。
六部之内，朱元璋设置了六科给事中，负责六部内部的廉政工作，相当于六部的“纪委”。朱元璋规定，六科给事中级别虽低，但有事可直接上奏皇帝，只对皇帝负责，只由都察院监督。
在地方上，朱元璋设十三道监察御史，监察所辖各道，并且可以监督中央的都察院的官员。他还定期从中央派出御史巡察各道，称为“巡按御史”。另外，各省行政长官对本地方、本部门的官员同样具有监察责任。
这样，大明王朝在中央就形成了都察院、六科给事中、十三道监察御史相互监督制约的三重监察网络；在地方则形成了监察御史、巡按御史和地方长官构成的三重立体反贪网络。古代监察系统在明代达到了前所未有的严密程度。
除此之外，朱元璋还规定了“风闻奏事”制度。明代监察官员职权很大，特别是拥有“风闻奏事”的特权。就是说，他们可以根据传闻进行举报而不用负任何责任，被举报者则需拿出证据证明自己清白。朱元璋时代还是著名的特务政治时代，这些特务的任务之一就是专门监视在京大小衙门官吏的不公、不法及风闻之事，并一一向上奏闻。朱元璋特别爱听官员们的花边新闻，所以大小官员们的生活琐事，无不在皇帝的掌握之中。
除了严密的监察体系，朱元璋还制定了历史上最为严厉、繁密的规章制度来约束官员们的行为，令他们只能在严格规定的范围内活动。他生怕地方官们办事不细心或者不尽心，亲自撰写了《授职到任须知》，对每一级地方官吏的职责都做出详细的规定。他把地方公务分为“发布公告”“征收田粮”“管理仓库”“会计核算”“受理诉讼”“管理囚犯”“管理官署房产”“管理辖内读书人”“管理地方渔业”“管理地方窑冶”等三十一项，并且逐项列出地方官工作职责中应当注意的事项，对这些注意事项往往还列出许多具体的要求。比如对“管理囚犯”一项，不但要了解已经结案的案件有多少、在押犯人有多少，还要“知入禁年月久近，事体重轻，何者事证明白，何者取法涉疑，明白者，即须归结，涉疑者，更宜详审，期在事理狱平，不致冤抑”[1]。如此谆谆嘱咐，像个碎嘴婆婆，只恨不得手把手教他们干，一身化为千万，在官员身旁严密监视着他们。对于京官，他则制定了《六部职掌》，把各部、司、科所有大小官员的岗位职责都制定得明明白白，连每个月用多少墨水钱都算得清清楚楚，这种管理可以说是非常精细化了。