80年代，元化先生一度曾为党务官员，然而，先生的本质和气质还是带有传统色彩的文人作家，或者说是兼具文采风流和办事能力的知识分子、是陈同甫一流的人物。大陆知识界经历了八十年代的批判“四人帮”和极左思潮之后，思想解放和启蒙教育，受到广泛的认同。王先生常说自己是“五四的儿子”，本着这个信念，他亲自主编《新启蒙》，目的在于推动文化改造和社会进步。到了90年代知识界出现了危机，有人批评80年代的思想解放运动是“空疏”“浮躁”，对于社会现实投入过多的关注是“舍其田而耘人之田”，是丧失了学术独立……总之是要改弦更张。在高校和研究单位，人们纷纷表示要走回书斋做专业知识分子。这些现象被李泽厚先生概括为“思想家淡出，学问家凸现”。他说“90年代大陆学术时尚之一是思想家淡出，学问家凸现，王国维、陈寅格被抬上天，陈独秀、胡适、鲁迅则退居二线”（香港《二十一世纪》1994年第六期）。
书斋是回去了，然而真正有分量的学术著作却也没有出现多少，许多学者只是呀呀学语式地稗贩欧美出现的各种“新理论”，枯燥、烦琐、无味、无趣，缺少原创性。学术界、知识界的不景气，真给人以七零八落之感。
李泽厚的说法有对的一面，也有说得不准确的一面，因为这个时期还有几位老人——如王元化先生、李慎之先生、何家栋先生等人在支撑着局面，坚持着八十年代的启蒙和反思，在思想界努力耕耘。他们如同老树挟霜，梅花垂露，点缀着那个独特岁月。至今思之，还令我们这些晚辈后学后辈汗颜。
王先生最重要的著作都是90年代问世的：如《传统与反传统》（1990）《文心雕龙讲疏》（1992）《清园夜读》（1993）《思辨随笔》（1994）《清园论学集》（1994）《读黑格尔》（1997）《清园近思录》（1998）《谈文短简》（1998）等，虽然每本书的影响不同，但王元化这个名字不是作为学者，更不是作为官员被学人们记住的，而是作为思想的领军人物得到知识界的广泛认同。