在科学与哲学之间的关系问题上，逻辑经验主义者大多是沉默（毋宁说是回避）的，因为他们把自己所信奉的“分析方法”当成缺省设置，当成不言自明的真理：那就是用逻辑分析的方法“拒斥形而上学”。
我们的问题是，这种“拒斥形而上学”的思想态度是否是“分析方法”的独创？还是科学与哲学在思想史上漫长演化的一种过渡性方案？“拒斥形而上学”有无思想理头？“拒斥形而上学”是否有无法超越的“元哲学”？
如果我们把科学哲学理解为科学与哲学的互相审视，那么我们至少可以得出两点结论：第一，科学哲学不限于维也纳学派的逻辑经验主义及其随后的各种流派，从古希腊到后现代都不乏科学与哲学关系的思想探索；第二，对科学与哲学关系问题的不同理解恰恰构成了科学哲学发展的内在矛盾，引导并制约科学哲学的思想性质及其各种探索。
但上述理解能否成立必须基于文献的支持，根据“国际维也纳研究会”（The international Institute Vienna Circle）在2000年出版的《科学哲学史：新动向和新视野》（History of Philosophy of Science：New Trends and Perspectives ）以及国际科学哲学史学会杂志（The Journal of the International Society for the History of Philosophy of Science）中的相关文献，我们整理出如下几个思想节点。
古代自然哲学传统中的科学与哲学：这一时期之所以被称为西方“科学的哲学”古代传统的形成时期，其原因就在于，科学与哲学的思想关联已经形成，并形成了对西方后世的“科学的哲学”产生重大影响的几个流派：理念论的科学-哲学共同体包括了毕达哥拉斯的数论、柏拉图学派及其欧几里得几何学、强调数理思想的新柏拉图主义如普拉提诺和普鲁克鲁斯等；原子主义的科学-哲学共同体包括留基伯-德谟克利特的奠基性工作，伊壁鸠鲁和卢克莱修的修补，阿基米德的应用，历经中世纪的蛰伏直到近代才变成科学理论；亚里斯多德主义的科学-哲学共同体包括亚里斯多德本人对物理学和生物学探讨并从中概括出四要素说、四因说和三段论等哲学思想，托勒密的天文学、希波克拉底-盖伦的生物学-医学等。参见拜雷（C.BAILEY）的《希腊的原子论与伊壁鸠鲁》（The Greek Atomists and Epicurus，Oxford：Clarendon Press，1928）以及迪克斯特惠斯（E.J.Dijksterhuis）的《从毕达哥拉斯到牛顿的世界机械图景》（The Mechanization of the World Picture：Pythagoras to Newton，Princeton，N.J.：Princeton University Press，1961）等。