为满足综合高中多样化的人才培养要求，综合高中的课程体系围绕着“普职融通”的核心要求来设置，文化知识素养学习与技能能力训练并行，学生兼顾升学准备与就业准备，因此呈现出模块化与订单化的面貌。
在管理学上，模块化管理是一种处理复杂系统，并把其分解为更好的可管理模块的方式。每个模块都可以自成一个体系，独立运作，但是又可以随时嵌入一个更大的系统中，或者从大系统中拆卸下来。综合高中的课程门类众多，可以把其整体视为一个大体系。整体的课程体系可以分成三个模块：基础课程模块、学术课程模块、职业课程模块。每一个课程模块内部可以根据学科要求、年级要求或专业要求的不同，将内部模块分成次一级的课程模块，并依此方式进一步拆分。
基础课程模块的设置要求对应综合高中对“全人”的追求，课程内容主要是关于人文、自然科学、社会科学等各领域的基本知识，以及价值观、人生观、待人接物能力等伦理道德知识。基础课程面向综合高中的全体学生，要求每一位学生都必须修读，并达到一定的学分，为其拥有一个相对宽阔的知识视野和文化素养打下基础。基础课程模块基本放在综合高中学生分流之前的学习阶段，其中的个别课程可以贯通到分流后的学习中。
学术课程模块、职业课程模块放置在综合高中学生分流后的学习阶段，主要目的是通过相应的课程学习，实现学生升学或者就业的人生目标。学术课程模块针对的是以升学为目标的学生群体。专业课程的设置应该参考普通高中的课程门类，并且参考高等教育阶段普通高校和职业类院校的专业学科设置，结合自身学校学科优势和所在地区的特点，实施国家课程和地方课程、学校课程相结合的课程设置。