有学者认为，综合高中的课程设置与国家对综合高中的办学目标定位不吻合，体现为二元结构突出，即普通高中课程与职业高中课程的简单叠加：升学预备课程沿用普通高中课程模式，偏难、偏广，而就业预备类课程则照搬职业高中的体系，专业过于狭窄，以考试科目为主，选修课、活动课很少。[7]常宝宁指出，世界发达国家都为综合高中设置了独特的课程结构，唯独我国在试办过程前后均没有出台明确的规范政策，综合高中在设置上没有突破双轨制的局限，尤其是职业教育课程缺乏，实践教育往往成为其他学科的替代品。[8]刘丽群建议，除了在国家层面解决综合高中的课程设置实施纲要以外，更重要的是推进综合高中的课程创新，在地区层面以区域统筹、合并重组、校际合作等方式提升学校的专业培养面和实习就业渠道，不断开发新的课程，完善学分管理体系。[9]高利民则建议，综合高中可以考虑打破传统的分科课程体系，将原本几门相关的课程合并，如实行理科综合或文科综合课程。这样做一方面避免了科目繁多、学业负担重的问题，另一方面为新型课程教学提供了充裕的时间，有利于培养学生不同知识融合的能力，凸显出综合高中相较于普通高中或职业高中的优势。[10]