综合高中长期面临着学籍管理界定的问题。不少学者认为，目前教育主管部门严格界定了普通高中和职业高中的学籍身份，影响了学生的学习积极性，妨碍了综合高中普职融通的道路。李晓就指出，综合高中从学制上来看，教育部最初要求是4年，前3年原则上执行普通高中课程计划，取得高中毕业资格可参加高考，未报考和未考上者可以继续参加1年的职业课程学习，合格者颁发相应的职业（成人）中专毕业证书，可报名参加高等职业学院对口升学考试，未升学者则落实就业单位，这个学籍设计成为普通高等教育的跳板，加上国家没有在中等职业教育和高等职业教育之间建立衔接机制，又限制了对口升学的比例，必然限制了综合高中的发展。[12]刘丽群则提出，由于我国现有的考试评价制度并没有对综合高中进行针对性的考虑和单独的制度安排，加上社会普遍推崇升学备考教育，综合高中容易最终走向升学预备教育，从而与普通高中无异，能否建立与综合高中发展相配套的考试评价体系，直接决定了综合高中是否有发展后劲。[13]