课程的综合性是综合中学得以建立的关键，也是综合中学最大的特色与亮点。美国《中等教育的基本原则》第16条指出：“作为标准中等学校的综合中学”要特别强调建立“将所有课程包容在一个统一的组织之中的综合中学”。综合高中之所以难办，其难点和焦点也在如何建设真正的综合性课程体系。
从发达国家综合高中的办学经验来看，它们着力解决的是综合高中普通教育课程与职业教育课程的融通问题。在具体的操作过程中，其综合高中的课程设置主要关注如下四个问题。
（一）课程轨道的多元化
设置多元的课程轨道是发达国家综合高中课程设置的共同特点，以美国和欧洲发达国家为例。
美国的公立综合高中规模一般都比较大，针对学生的不同情况和不同需求，学校一般会设置三种课程轨道。第一类是普通科，这类课程主要为学生未来的生活做准备，开设基础课程及常识课程，兼顾一些职业课程，学生毕业后从事半熟练的体力劳动或充当初级职员，在其课程设置中，技术课程占4%，普通课程占71%，实践课程占25%；第二类是学术科，即大学预科，开设学术性的文理课程，主要有文学、数学、自然科学、社会科学、外语，其课程体系中不学习技术课程，普通课程占92%，实践课程占8%；第三类为职业科，根据社会的需求及学校的条件，开设工、农、商、家政等职业课程，学生毕业后，能够从事某一行业的熟练劳动，或充当初级职员、店员等，学制为3～4年，招收初中毕业生，其课程中技术类课程占34%，普通课程占58%，实践课程占8%。[9]
欧洲发达国家的综合高中，也有多元的课程轨道供学生选择。例如，早在20世纪80年代，瑞典的综合高中的课程就设置了23个科，分别属于3个学科领域，即人文和社会科学、经济科学、技术和自然科学。[10]