对综合高中办学进行弹性化设计，能更好地兼顾学生的个性差异。具体而言，表现在以下三个方面。
（一）允许多次分流
允许多次分流是综合高中的灵魂所在。没有多次分流，就不能称其为综合高中（机制上可以有多次选择，课程上可以有多种选择）。综合高中的普职融通，可以为学生自由选择发展路向提供更多的机会，因此综合高中应该发挥这个优势，通过弹性化的教学管理，为学生提供多次分流的机会，使学生能够更好地适性发展。例如，可以将学生的分流分成两个阶段，第一年后进行文理分流，第二年后进行升学预备教育（含高职预备教育）和就业预备教育的分流，等等。
（二）学分制管理
综合高中和学分制几乎是相伴而生的，学分制是实施综合教育的一大保障。只有在实施学分制的情况下，才可能确保学生对广泛的课程进行自由的、充分的选择，才可能发展学生的个别差异，使课程显现出较大的自由性和选择度。
（三）弹性化学制
从发达国家综合高中的情况来看，综合高中的学制一般都比较灵活，具有很大的弹性。例如，瑞典的综合中学就有两年制、三年制、四年制等多种不同的学制，而且瑞典的综合中学允许学生工学交替，真正贯彻了回归教育的理念。我国浙江、广西等地区，在综合高中办学实践中也创生了很多灵活的学制类型，如“2+1”“2+2”“2+3”等。