综合高中面临招生、学制、学籍管理等一系列问题。首先，高中阶段（包括普通高中和职业高中）招生形成了相对稳定的制度和规范，综合高中如何招生，是按照普通高中还是职业高中招生，抑或作为独立批次招生需要相应研究并制定具体招生政策。其次，综合高中学生出口不同，人才培养方案也会不同，综合高中按照3年学制，还是2～4年的弹性学制需要研究确定。最后，由于涉及高考资格、补助等一系列问题，因此综合高中学籍管理是一个比较复杂的问题。
面对上述问题，广东省最好能够研究出便捷、高效的学籍管理方式，一方面避免学籍管理过于烦琐，另一方面能够确保综合高中学生可以根据个人发展需要在参加高考或领取补贴方面不受影响。因此，学校要通过政策研究逐步建立综合高中单列招生制度；建立弹性学籍制度，满足学生个性化发展需要；在学籍管理问题上，最重要的是要建立与学生多样化出口相适应的学籍管理制度，这既能满足学生报名参加高考的需要，又能满足学生习得技能就业的需要（补贴、职业资格证书等）。其他省（市）主要采取分年级分段注册的方式，这样做比较复杂，也会影响学生的利益（比如，打算读完综合高中就业的学生，如果高一注册了普通学籍，有可能拿不到补贴等问题）。因此，广东省最好能够制订一套简洁有效的学籍管理制度。